Klub został założony jako Levadia Maardu 22 października 1998, kiedy to drużyna piłkarska FK Olümp Maardu rozpoczęła współpracę z firmą metalurgiczną OÜ Levadia. W sezonie 1998 Levadia wygrała rozgrywki Esiliigi i awansowała do Meistriliigi. W pierwszym roku gry w najwyższej klasie rozgrywkowej w kraju zdobyła mistrzostwo. Od tego czasu jeszcze dziesięciokrotnie zwyciężała w rozgrywkach Meistriliigi. Dziesięć razy zdobywała Puchar Estonii, zaś ośmiokrotnie Superpuchar. 29 grudnia 2003 klub przeniósł się do stolicy i zmienił nazwę na Levadia Tallinn. W sezonie 2009/2010 Levadia Tallinn sensacyjnie pokonała Wisłę Kraków w II rundzie eliminacji do Ligi Mistrzów. 4 listopada 2017 Levadia połączyła się z drużyną FCI Tallinn i zmieniła nazwę na FCI Levadia. W grudniu zaprezentowano nowe logo klubu.