Hiszpański Związek Piłkarzy
Luis Rubiales po zakończeniu kariery piłkarskiej rozpoczął pracę w Hiszpańskim Związku Piłkarzy, którego 9 marca 2010 został prezydentem, zastępując tym samym Gerardo Gonzáleza Movillę, który sprawował tę funkcję od 1988 r. oraz wycofał swoją kandydaturę w marcu 2010 r. Hiszpański Związek Piłkarzy pod wodzą Rubialesa zaczął domagać się próby rozwiązania problemów ekonomicznych, z którymi borykało się wielu piłkarzy.
Już kilku dni po objęciu funkcji zapowiedział strajki oraz próbę wpłynięcia na rozegranie El Clásico (mecz pomiędzy Realem Madryt a FC Barceloną). Na początku sezonu 2011/12 zwołał pierwszy od 27 lat strajk piłkarzy z Primera i Segunda División, żądając podpisania układu zbiorowego tworzącego fundusz gwarantujący wypłatę wynagrodzeń piłkarzom i nakładającego sankcje na kluby które nie wywiązały się z zobowiązań finansowych.
W sezonie 2015/16 kontynuował swoją pracę, po czym Liga Nacional de Fútbol Profesional (LFP) zwróciła się do Sądu Krajowego o zawieszenie strajku uznając go za nielegalny. Ostatecznie osiągnięto porozumienie, na mocy którego 0,5% rocznych dochodów z praw telewizyjnych będzie przekazywane Hiszpańskiemu Związkowi Piłkarzy w celu wykorzystania na cele związane z poprawą warunków pracy piłkarzy i promocją ich zatrudnienia po zakończeniu działalności zawodowej w piłce nożnej. W maju 2016 r. otrzymał nagrodę honorową Golsmedia za pracę na rzecz obrony grupy zawodowych i półprofesjonalnych piłkarzy, gwarantującą im prawa pracownicze, ekonomiczne, szkoleniowe i socjalne.
Po zgromadzeniu Hiszpańskiego Związku Piłkarzy w Walencji 26 czerwca 2016 ogłosił plany dotyczące zaległych środków finansowych:
- plan oszczędzania na koniec kariery, umożliwiający piłkarzom dostęp do tych funduszy po przejściu na emeryturę
- plan oszczędnościowy na wypadek sytuacji nadzwyczajnych
- plan oszczędnościowy wdrożenie szeregu usług, które skupiałyby się w tzw. „Domku Piłkarza”, takich jak przychodnia medyczna, laboratorium badań mięśni oraz skupiska, aby zawodnicy bez drużyny mogli trenować i regenerować się po kontuzjach
W czerwcu 2016 r. zaproponowano związkowi włączenie do stowarzyszenia również piłkarski, na co związek wyraził zgodę, po czym utworzono w związku Komitet Piłki Nożnej Kobiet.
Był także od 2010 r. członkiem zarządu Consejo Superior de Deportes (CSD) oraz RFEF, od 2011 r. członkiem zarządu ds. dialogu społecznego w ACES Europe w Brukseli, od 2012 r. członkiem Komitetu Strategicznego Zawodowej Piłki Nożnej UEFA w Nyonie, od 2013 r. wiceprezesem Komitetu Wykonawczego FIFPro oraz od 2010 r. członkiem, a w latach 2014–2017 prezesem Wzajemnego Towarzystwa Zawodowych Sportowców (MDP).
Hiszpański Związek Piłki Nożnej
Podczas zgromadzenia RFEF w La Ciudad del Fútbol w Las Rozas de Madrid został wybrany prezydentem związku, wygrywając w wyborach z tymczasowym prezydentem Juanem Luisem Larreim 80:56 (1 głos wstrzymany). W swoim przemówieniu zapewniał o jedności związku oraz wysiłkach na rzecz amatorskiej piłki nożnej oraz włączeniu kobiet na stanowiska kierownicze w strukturach piłkarskich. 13 czerwca 2018, na dwa przed pierwszym meczem reprezentacji Hiszpanii na mistrzostwach świata 2018 w Rosji, nagle zwolnił selekcjonera Julena Lopeteguiego po ogłoszeniu o podpisaniu przez niego kontraktu z Realem Madryt. Rubiales poinformował, że kluczowy wpływ na jego decyzję miał sposób ogłoszenia klubu o podpisaniu kontraktu z trenerem, poprosił klub o poczekanie z ogłoszeniem, jednak chwilę później władze Realu Madryt ogłosiły tę wiadomość. Julen Lopetegui zaledwie 20 dni wcześniej przedłużył kontrakt z RFEF do 2020 r.. 7 lutego 2019 został członkiem Komitetu Wykonawczego UEFA, natomiast 29 maja 2019 prezydent UEFA Aleksander Čeferin mianował go wiceprezydentem związku. 21 września 2020, 95 głosami (przy 10 głosach wstrzymujących) ponownie został wybrany prezesem RFEF, na kadencję 2020–2024. 10 września 2023 poinformował o swojej rezygnacji z zajmowanych stanowisk w RFEF i UEFA.
