Historia
Klub założony został 25 maja 1948 roku, gdy klub Club Deportivo Málaga przejął juniorski klub CD Santo Tomás i przekształcił go w swoją rezerwową drużynę o nazwie Club Atlético Malagueño.
Gdy w 1992 roku CD Málaga został rozwiązany z powodu trudności finansowych, jego rezerwowy klub CA Malagueño nie zaprzestał swojej działalności. W sezonie 1992/93 CA Malagueño grał w 9 grupie IV ligi (Tercera División), gdzie spisał się znakomicie i awansował do III ligi (Segunda División B), z której jednak spadł w następnym sezonie. Tak jak poprzednio CD Málaga, klub ten popadł w tarapaty finansowe. Członkowie klubu w referendum z 19 grudnia 1993 roku podjęli decyzję o zmianie nazwy klubu na Málaga Club de Fútbol S.A.D. W sezonie 1998/1999 drużyna pod wodzą trenera Joaquína Peiró wywalczyła historyczny awans do Primera División. W 2002 roku Malaga dzięki 9. pozycji zakwalifikowała się do istniejącego wówczas Pucharu Intertoto. W sezonie 2007/08 występował w rozgrywkach hiszpańskiej Segunda División, do której awansował w sezonie 1997/98. W sezonie 2011/12 do klubu dołączyli: Martín Demichelis, Ruud van Nistelrooy, Nacho Monreal, Joris Mathijsen, Jérémy Toulalan, Joaquín, Isco, Santi Cazorla i bramkarz Carlos Kameni. Malaga zajęła 4. pozycję w lidze i po raz pierwszy w historii awansowała do Ligi Mistrzów. W sezonie 2012/13 zajmuje szóste miejsce w Primera División. Odpadła w ćwierćfinale Ligi Mistrzów w meczach Borussią Dortmund, które zakończyły się rezultatem 0:0 i 2:3. W lipcu 2013 do klubu dołączył polski piłkarz Bartłomiej Pawłowski.
Sezon 2017/18 był jednym z najgorszych w historii klubu z południa Hiszpanii. Drużyna zapewniła sobie spadek na pięć kolejek przed końcem. Ogólnie klub ten zakończył sezon na ostatnim miejscu z dorobkiem 20 punktów na koncie. Klubowi z Malagi nie pomogła nawet zmiana szkoleniowca. Zwolnionego Míchela zastąpił José Manuel González. W 2023 roku klub spadł do Primera Federación (III poziom rozgrywkowy), gdzie spędził jeden sezon powracając do Segunda División. W czerwcu 2026 roku, po wygranych barażach z Almeríą, Málaga awansowała do Primera División.
