W małych stężeniach ma przyjemny kwiatowy zapach przypominający kwiaty jaśminu i pomarańczy. Natomiast w większych stężeniach zapach ten jest zazwyczaj określany jako odrażający zapach fekaliów, a sam skatol, obok indolu, jest uważany za jedno z głównych źródeł tego zapachu (skatol i indol występują w nich jako produkty metabolizmu bakterii beztlenowych, stanowiąc produkt degradacji tryptofanu). W 1987 r. zakwestionowano ten pogląd, stwierdzając, że wprawdzie skatol i indol są obecne w odchodach ludzkich, ale źródłem ich zapachu są przede wszystkim związki siarkoorganiczne (metanotiolCH3SH, disiarczek dimetylu(inne języki)CH3S−SCH3 i trisiarczek dimetyluCH3S−S−SCH3). Równocześnie zapach czystego skatolu określono jako przypominający zapach naftaliny (kulek na mole).
↑Karl-GeorgK.G.FahlbuschKarl-GeorgK.G. i inni, Flavors and Fragrances, [w:] Ullmann’s Encyclopedia of Industrial Chemistry, Weinheim: Wiley‐VCH, 2005, s. 86, DOI:10.1002/14356007.a11_141(ang.).
↑E.E.FischerE.E., F.F.JourdanF.F., Ueber die Hydrazine der Brenztraubensäure, „Berichte der Deutschen Chemischen Gesellschaft”, 16 (2), 1883, s. 2241–2245, DOI:10.1002/cber.188301602141(niem.).
↑E.E.FischerE.E., O.O.HessO.O., Synthese von Indolderivaten, „Berichte der Deutschen Chemischen Gesellschaft”, 17 (1), 1884, s. 559–568, DOI:10.1002/cber.188401701155(niem.).
↑GerdG.CollinGerdG., HartmutH.HōkeHartmutH., Indole, [w:] Ullmann’s Encyclopedia of Industrial Chemistry, Weinheim: Wiley‐VCH, 2005, s. 1, DOI:10.1002/14356007.a14_167(ang.).