O atual presidente é o empresário João Paulo Magalhães, eleito em dezembro de 2024 para o quadriênio 2025 a 2028.
As eleições do Botafogo ocorrem a cada 4 anos de acordo com o novo estatuto aprovado em 2017 e entrando em vigor apenas nas eleições de 2021. Anteriormente, as eleições era a cada 3 anos.
↑Foi o primeiro presidente do Club de Regatas Botafogo. José Maria Dias Braga também foi um dos fundadores do Club de Regatas Botafogo.
↑Álvaro Werneck foi o décimo presidente do Club de Regatas Botafogo. Ele também foi um dos fundadores do homônimo Botafogo Football Club, tendo, inclusive, sido jogador do clube. Voltou ao cargo de presidente outras duas vezes: em 1923 e depois entre 1927 e 1928.
↑Ibsen De Rossi foi o décimo-oitavo presidente do Club de Regatas Botafogo entre 1935 e 1937, substituindo Octávio Costa Macedo. De Rossi também presidiu depois o próprio Botafogo de Futebol e Regatas, após a gestão de Carlito Rocha. De Rossi foi o quinto presidente do novo clube.
↑Augusto Frederico Schimidt foi um grande poetamodernista que também presidiu o Club de Regatas Botafogo. Ele foi um dos responsáveis pelo processo de fusão que uniu o clube que presidia ao homônimo do futebol.
↑Flávio Ramos foi jogador do time de futebol. Foi, também, um dos idealizadores do clube, que foi fundado por ele e outros amigos durante sua adolescência.
↑Alfredo Guedes de Melo foi o segundo presidente do Botafogo Football Club. Tomou posse no dia em que o clube passou a ter este nome (antes chamava-se Electro Club). A seção que o elegeu para o cargo foi realizada em sua própria casa.
↑Paulo Antônio Azeredo, que já havia sido presidente durante o ano de 1923, voltou ao cargo como o décimo-sétimo a presidir o clube. Ficou no poder por 10 anos, até 1936. Porém, em 1935, pediu licença, sendo substituído por Rivadávia Corrêa Meyer, e depois seu filho (Rivinha) seria presidente do Botafogo de Futebol e Regatas.
↑Entrou de licença em 1935, sendo substituido por Rivadávia Corrêa Meyer (Riva)
↑Assumiu o cargo provisoriamente, após a renúncia de Emil Pinheiro.
↑Assumiu o cargo definitivamente após a renúncia de Emil Pinheiro e a saída de Jorge Aurélio Ribeiro Domingues.