2 Partidas e gols totais pelos clubes, atualizadas até 4 de março de 2026.
3 Partidas e gols pela seleção nacional estão atualizadas até 4 de março de 2026.
Fez sua estreia no time principal em 3 de outubro de 2018, começando em uma vitória por 4 a 2 fora de casa sobre o 2 de Mayo pela Copa Paraguai. Depois de participar de mais duas partidas da Copa, fez sua estreia na Primera División em 29 de abril de 2019, começando em uma vitória por 3 a 0 sobre o Nacional.
Só se tornou titular regular na temporada de 2020, e marcou seu primeiro gol em 26 de setembro daquele ano, marcando o terceiro do Cerro em uma vitória em casa por 3 a 1 sobre o River Plate do Paraguai, em uma partida que garantiu o título do Apertura de 2020 ao clube.
Em janeiro de 2021, Duarte aceitou a transferência para o Club Necaxa da Liga MX, mas a transferência fracassou devido a uma lesão; ele também recebeu uma oferta de um time da Major League Soccer no verão, mas foi recusada pelo Cerro.
Em 11 de janeiro de 2023, o Cerro anunciou que havia chegado a um acordo para a transferência de Duarte para o Spartak Moscou, da Premier League russa. O Spartak confirmou a transferência treze dias depois, com o jogador assinando um contrato de quatro anos e meio por uma venda estimada em US$ 5 milhões.
Duarte estreou no exterior em 4 de março de 2023, como titular em um empate em casa por 2 a 2 contra o Ural Yekaterinburg. Tornou-se titular regular na temporada 2023-24, atuando em 33 partidas.
Na temporada 2025, disputou sete partidas pela equipe, sendo titular em oito delas. Ao todo, pelo time russo o zagueiro somou 65 partidas, com uma assistência.
Santos
Em 2 de setembro de 2025, foi anunciado pelo Santos com contrato de quatro anos, até 2029.
Empréstimo ao Libertad
Em fevereiro de 2026, o Santos emprestou o jogador ao Libertad, do Paraguai.
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