História
O Cuenca Juniors foi fundado com o objetivo de promover talentos locais e fornecer oportunidades de desenvolvimento esportivo para jovens futebolistas na região sul do Equador.
A família Eljuri desempenhou um papel crucial no rápido desenvolvimento e consolidação da instituição. Membros desta família, incluindo Juan Pablo Eljuri e Juan Gustavo Palacios, estiveram diretamente envolvidos nas escolhas esportivas e financeiras do clube, sob o lema: "O Cuenca Juniors representa futebol, paixão e orgulho de Cuenca. Jogamos com o coração, vivemos para vencer. Viemos para fazer história ."
A sede administrativa do clube foi registrada na paróquia de Yanuncay e seu status legal foi aprovado pelo Ministério do Esporte Equatoriano em 26 de outubro de 2023.
A equipe iniciou sua primeira competição oficial no Campeonato da Segunda Categoria de Azuay de 2024, temporada na qual, sob o comando do técnico Juan Ramón Silva, teve um desempenho excepcional, conquistando o título invicto. Suas estatísticas foram notáveis: 10 vitórias e 2 empates, com 53 gols marcados e apenas 3 sofridos. Na final, derrotou o Aviced Fútbol Club nos pênaltis, obtendo assim seu primeiro título. Graças a essa conquista, conseguiu acesso à Série B equatoriana, onde avançou até as quartas de final. Nessa fase, foi eliminada pelo La Unión de Pujilí, após ter derrotado clubes como Deportivo Meridiano, Guaranda Fútbol Club e La Troncal Fútbol Club.
Na temporada de 2025, o clube obteve mais um desempenho notável, conquistando o bicampeonato provincial com um recorde de 13 vitórias e apenas uma derrota. Na final, derrotaram novamente o Aviced Fútbol Club, desta vez por 3-1 no tempo regulamentar.
Como campeão provincial, o Cuenca Juniors também competiu na Copa Ecuador de 2025 , alcançando mais um desempenho excepcional. Na fase preliminar, eliminou o Club Atlético Vinotinto, por 5 a 4 nos pênaltis, após um empate em 2 a 2. Na fase de 32 avos de final, protagonizou uma das maiores surpresas do torneio, derrotando o Barcelona Sporting Club por 2 a 0, com gols de Roberto Ordóñez e do nigeriano Feyiseitan Asagidigbi. O resultado atraiu a atenção nacional. Nas oitavas de final, goleou o La Cantera de Pastaza por 6 a 1, nas quartas de final enfrentou o 9 de Octubre, vencendo o jogo por 2 a 1, chegando até a semifinal, perdendo no placar agregado por 4 a 1 do Universidad Católica, que mais tarde seria campeão.
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