Atlético Mineiro
2020
Em 9 de janeiro de 2020, foi anunciado como novo reforço do Atlético Mineiro por 4,2 milhões de reais, assinando contrato até dezembro de 2024 com o Galo e sempre apresentado oficialmente em 13 de janeiro. O Galo já havia acertado um acordo com o atleta em 2019, porém o jogador tinha 17 anos e como a FIFA não permite transferências de atletas menores de 18 anos, o clube preferiu esperar a maioridade.
Fez sua estreia pelo clube mineiro em 2 de fevereiro, no empate de 1–1 com a Tombense na 4ª rodada do Campeonato Mineiro. Após perder bastante espaço com a chegada de Jorge Sampaoli ao clube mineiro, disputar apenas quatro partidas (todas sob o comando do técnico anterior, Dudamel) e ter sua saída cogitada para pegar experiência, Dylan começou a ter um bom desempenho nos treinos e convenceu Sampaoli a lhe dar mais oportunidades. Posteriormente, foi cogitado novamente ser emprestado pelo fato de haver seis estrangeiros no clube com a chegada de Eduardo Vargas, sendo que é permitido apenas cinco serem relacionados à partidas e por ter disputado apenas três partidas.
2021
Após disputar algumas partidas no Campeonato Mineiro e dois jogos no Brasileirão (contra Sport e Internacional na 2ª e 4ª rodada do torneio, respectivamente), Dylan demorou quase um mês para voltar a ser relacionado a uma partida e logo em sua primeira após ser, fez seu primeiro gol com a camisa do Atlético em 10 de julho vindo do banco de reservas, garantindo vitória por 1–0 sobre América Mineiro, na 11.ª rodada do Brasileirão, além de se tornar o estrangeiro mais jovem a balançar as redes pelo clube mineiro.
Com Cuca, Borrero se tornou uma boa opção ao entrar bem nos jogos que era requisitado e começou a ganhar sequência, chegando a atuar em 24 jogos, fazer dois gols e conceder uma assistência. Em 7 de outubro, fez seu segundo gol pelo clube no empate de 2–2 com a Chapecoense, na 24ª rodada do Campeonato Brasileiro. Fez parte do elenco campeão Brasileiro e que conquistou a tríplice coroa em 2021 (o clube também ganhou o Mineiro e a Copa do Brasil).
2022
Em 26 de janeiro, entrou no segundo tempo e fez o gol de empate do galo na partida contra o Vila Nova aos 89 minutos, na estreia do Campeonato Mineiro. Após ter uma chance com titular e fazer mais um bom jogo na vitória de 3–0 sobre a Tombense na segunda rodada, foi elogiado pelo técnico argentino Antonio Mohamed, mas ainda não foi garantido no time titular.
Mesmo sendo reserva e entrando no decorrer na maioria dos jogos, Dylan teve o melhor desempenho entre os estrangeiros do galo na primeira fase do Mineiro, com um gol feito e duas assistências distribuídas, contra o Democrata e Caldense, para os gols de Nacho e Hulk, respectivamente, sendo o homem de confiança do técnico Antonio Mohamed. Após o acerto de sua transferência para o NE Revolution, do EUA, por cerca de 4,5 milhões de euros (21 milhões de reais, dependendo da cotação), Dylan despediu-se oficialmente do clube em seu Instagram em 20 de abril. Ao todo ficou dois anos no clube atleticano, tendo disputado 47 partidas pelo clube, fazendo três gols e concedendo seis assistências, além de conquistar seis títulos. A transferência só foi oficialmente confirmada pelo galo no dia 22 de abril.
