Entre os projetos científicos em que participou contam-se iniciativas ligadas à aprendizagem matemática, tecnologia e sociedade, robótica em educação matemática e informática, formação de professores, investigação nas regiões ultraperiféricas europeias e eventos de divulgação científica na Macaronésia, como o projeto Macaronight.
Vice-reitora da Universidade da Madeira
Em 2017, foi nomeada vice-reitora da Universidade da Madeira pelo reitor José Carmo, com despacho de nomeação, assinado em 8 de maio de 2017 e publicado em Diário da República em 12 de junho.
Em janeiro de 2025, enquanto vice-reitora da Universidade da Madeira, foi designada para integrar o Conselho Nacional para a Inovação Pedagógica no Ensino Superior, órgão consultivo criado no âmbito do Ministério da Educação, Ciência e Inovação. A tomada de posse dos membros do conselho decorreu em fevereiro de 2025, em Lisboa, tendo Elsa Fernandes sido indicada como representante da Universidade da Madeira no consórcio Sapien - South and Atlantic Pedagogical Innovation & Excellence Network.
Secretária Regional de Educação, Ciência e Tecnologia
Em 5 de setembro de 2025, a presidência do Governo Regional da Madeira anunciou que Elsa Fernandes sucederia a Jorge Carvalho como titular da pasta da Educação, Ciência e Tecnologia, na sequência da saída deste para se candidatar à Câmara Municipal do Funchal nas eleições autárquicas de 2025, tomando posse a 15 de setembro desse ano.
