Participação política durante a ditadura
Em Lovaina, no contexto do processo de independência da República Democrática do Congo (ex-Congo Belga), teve um primeiro contacto com a atividade política anticolonial, nomeadamente com os dirigentes do MPLA que residiam em Paris. Após regressar a Portugal em 1962, associou-se aos meios católicos progressistas e aderiu à Acção Católica, integrando a Junta Central, entre 1966 e 1968. Por ocasião da visita do Papa Paulo VI a Portugal e em parceria com José Manuel Galvão Teles, encarregou-se de entregar uma carta a um elemento da comitiva papal detalhando a situação política e social no país.
A 31 de dezembro de 1968, participou de uma vigília de 150 pessoas na Igreja de São Domingos, em Lisboa, numa primeira afirmação coletiva católica contra a guerra colonial e durante a qual se ouviu pela primeira vez a música Cantata da Paz, interpretada por Francisco Fanhais, com letra de Sophia de Mello Breyner Andresen e música de Francisco Fernandes.
Em 1969, integrou a campanha da Comissão Democrática Eleitoral (CDE) para as eleições legislativas. Associada a vários membros da revista Perspectiva (ver abaixo), colaborou com a Liga de Unidade e Acção Revolucionária (LUAR), ajudando na organização e dando apoio logístico. Entre 1972 e 1974, fez parte de um coletivo semiclandestino, na génese do Movimento de Esquerda Socialista (MES) e do PRP/Brigadas Revolucionárias.
Atividade editorial e cultural durante a ditadura
Em 1962, participou na revista O Tempo e o Modo e em publicações clandestinas contra a guerra colonial. Recordou a importância do copiógrafo a stencil para produzir panfletos durante a Crise Académica de 1962. Produzidos durante a noite, saltitando de local em local, requeriam o esforço físico "de noites inteiras a dar à manivela!"
Em 1964, foi membro fundador da Cooperativa Pragma, encerrada pela PIDE em 1967. Com o nome de guerra Manuela Gomes, participou no segundo ou terceiro exemplar dos Cadernos Socialistas (1967-1969), publicação com origem em Lovaina e tiragem de 500-600 exemplares. A intenção passava por distribuir metade em Portugal, se bem que a maioria fosse distribuída no exílio político, na Argélia, Bélgica, França, Itália e Suíça. Nela participaram enquanto autores Manuel Sertório, Manuel Lucena, António Frade, Sacuntala de Miranda, José Medina, José da Silva, Gabriel David, e Oliveira Marques cuja colaboração esteve apalavrada.
Participou na revista Perspectiva (1967-1972), inicialmente um orgão da Associaçãoes da Universidade de Lovaina que Virgílio Ferreira apelidou de antídoto "para a agrura do exílio com uma humanização em fraternidade e cultura" (p.441) e cujos redatores oficiais incluiram Artur Mário dos Santos, Fernando Branco, João Martins, Jorge de Oliveira e Sousa, e Luís Sobral. Os colaboradores, na sua maioria residentes em Bruxelas, Lovaina, ou Paris, incluiram nomes de futuros "escritores, artistas, sociólogos, políticos, professores universitários, filósofos" de entre os quais se destacaram Augusto Joaquim, José Luis da Conceição Joaquim, Teresa Maria Joaquim, Maria Gabriela Llansol, Carlos Bandeira de Lima, Casimiro Barrocas, Fernando Belo, Carlos Cardoso Gonçalves, Anabela da Conceição Lopes, Nuno Dias Ferreira, Bernardino do Carmo Gomes, Joaquim Alberto Lopes Simões, José Carlos Marques, Artur Martins, Branca Matos Silva, Luis Pedro Coelho, João Mendes, Regina Santos, Waldemar Santos, Maria Teresa Sousa, Manuel Vilaflor, José Carlos Gomes da Silva e Tito Cardoso e Cunha.
Foi ainda dirigente do Centro Nacional de Cultura, com José Manuel Galvão Teles em 1969 e vice-presidente do Centro Nacional de Cultura entre 1968 e 1969, enfrentando o controlo da censura e da PIDE.
Pós-Abril de 1974
Em 1976, participou na lista de candidatos à Câmara Municipal de Lisboa nas primeiras eleições autárquicas de Portugal, através dos Grupos Dinamizadores de Unidade Popular (GDUPs), no que foi a sua última filiação partidária. Posteriormente, apoiou o Bloco de Esquerda e a candidatura de Catarina Martins à Presidência da República em 2026.
Joana Lopes continuou a ter uma participação ativa na vida cívica e política de Portugal, aliando-se, nomeadamente, a movimentos que fizeram campanha pela despenalização do aborto e na direção da associação Não Apaguem a Memória!. Fundou a Iniciativa para a Auditoria Cidadã à Dívida, em reação ao plano da tróica, e foi promotora do movimento cívico para a despenalização da morte assistida.
Em 2007, publicou o livro Entre as Brumas da Memória - Os Católicos Portugueses e a Ditadura pela editora Âmbar, onde registou as lutas clandestinas durante a Ditadura. No seguimento deste, iniciou o blogue Entre as Brumas da Memória, no qual escreveu até às últimas semanas de vida. Das lutas clandestinas na ditadura aos temas da atualidade, Joana Lopes manteve uma intervenção pública.
