2003–2008: JEC/Krona
A criação do JEC/Krona é datada de 29 de janeiro de 2003, cerca de 47 anos após Joinville introduzir o futsal em Santa Catarina com os clubes Curriola Independente e América, ambos liderados pelo ex-jogador de futebol Zabot. No início, a gestão da equipe pertencia à Fundação dos Esportes do município. Nos primeiros anos, as inscrições e os vínculos dos atletas já eram registrados através do Joinville Esporte Clube, em uma prática que viria a ser encerrada quando a empresa Krona, que era somente patrocinadora até então, assumiu o controle administrativo.
As primeiras temporadas foram marcadas por boas campanhas que não resultaram em títulos. Entre os anos de 2005 e 2008, quatro vice-campeonatos consecutivos no Campeonato Catarinense anteciparam as conquistas que viriam a seguir. Sob gestão da Fundação dos Esportes, o principal feito do JEC/Krona foi alcançar a final da Liga Nacional de 2007, após eliminar nas semifinais a tradicional e favorita Ulbra de Manoel Tobias: vitória por 2 a 1 em Joinville e empate heroico em Canoas, com grande atuação do goleiro Rogério. O rival Jaraguá foi o adversário na decisão, quando ainda competia como Malwee e possuía o maior investimento do torneio. O favoritismo, dessa vez, se confirmou. Na primeira e única final catarinense da Liga Nacional, duas goleadas — 6 a 1 na ida, no Cau Hansen, e 5 a 3 na volta, na Arena Jaraguá — confirmaram o bicampeonato jaraguaense.
2009–2015: Krona
Em 2009, a Krona Tubos e Conexões, principal patrocinadora desde 2005 (até os dias atuais), assumiu a administração e renomeou a equipe como "Krona Futsal". Com investimentos ainda maiores, o tabu de vice-campeonatos finalmente foi quebrado na decisão do Campeonato Catarinense, contra o Florianópolis: vitória por 5 a 0 na ida, na capital, derrota por 2 a 1 na volta, em casa, e triunfo por 3 a 1 no jogo extra para consagrar o primeiro título estadual. O bicampeonato veio logo na temporada seguinte. Após perder a primeira partida da final para o Concórdia, por 3 a 0, a Krona venceu por 2 a 0 em um ginásio da Univille lotado e carregou a disputa à prorrogação, repetindo o placar do tempo normal e levantando o segundo troféu de sua história.
Os anos de 2011 e 2012 marcaram o "salto" da Krona no cenário nacional. Na Taça Brasil de 2011, depois de liderar seu grupo com 9 pontos em 4 partidas disputadas, a equipe joinvilense eliminou o Minas nas semifinais (3 a 1) e foi à decisão contra a Intelli, que à época competia na cidade de Orlândia, sede daquela edição. Na casa do adversário, empates em 1 a 1 no tempo normal e na prorrogação antecederam a vitória da Krona nas penalidades, por 4 a 2, selando o primeiro título do clube a nível nacional. Como campeã da Taça Brasil, abriu a temporada seguinte disputando a Superliga — sediada em Joinville. Novamente, liderou seu grupo e foi às semifinais, eliminando a equipe de Ibirama e chegando à final contra Carlos Barbosa. Os gols de Valdin e André abriram vantagem e, mesmo com a ACBF diminuindo no último minuto, a vitória por 2 a 1 deixou o troféu em Joinville.
A temporada de 2012 guardava mais uma final de Liga Nacional. Classificada ao mata-mata como terceira colocada da primeira fase e líder do quadrangular, a Krona passou por Botafogo nas quartas e Carlos Barbosa nas semifinais. Na final, perdeu a primeira partida contra a Intelli em casa, por 1 a 0, e tentou reverter a série em São Sebastião do Paraíso, mas sem sucesso. O empate de 4 a 4 conferiu o título à equipe paulista. Naquele ano, começou um padrão que se repetiria entre 2012 e 2014: a Krona conquistou o Campeonato Catarinense (vencendo o Jaraguá em uma final pela primeira vez) e foi vice-campeã da Taça Brasil, perdendo por 7 a 2 para o Minas, em Joinville. O mesmo se repetiu em 2013, com título estadual sobre a equipe de Rio do Sul e derrota contra o Atlântico na copa nacional. Em 2014, o pentacampeonato catarinense veio diante do Jaraguá e, seguindo a "escrita", amargou outro vice-campeonato na Taça Brasil, em derrota por 5 a 4 para o Crateús, do Ceará.
Nos últimos anos como Krona, a equipe ainda conquistaria a Recopa Santa Catarina de 2014 sobre o Clube Caça e Tiro, de Lages, e perderia o título do Campeonato Catarinense de 2015 para o rival Jaraguá. Com o apelo público e comercial diminuindo a cada ano, a gestão optou pela incorporação do futsal ao Joinville Esporte Clube, retornando às origens e formando um departamento (com administração comercial conjunta) pertencente ao Tricolor. A medida rapidamente surtiu efeito, com a torcida do clube voltando aos jogos de futsal e abraçando o projeto também fora de quadra: em 2023, o JEC/Krona ultrapassou a marca de mil sócios-torcedores e se firmou como a equipe com o maior programa de associação da modalidade no Brasil.
2016–presente: JEC/Krona
No retorno como JEC/Krona, em 2016, a equipe não alcançou grandes resultados. Reeditando a final de seu primeiro título estadual, voltou a enfrentar o Florianópolis e, ao perder por 2 a 1 na prorrogação, ficou com o vice-campeonato pela sexta vez. Na Liga Nacional, terminou a primeira fase na quarta colocação, com 35 pontos em 18 partidas (10 vitórias e 53 gols pró). Classificado ao mata-mata, eliminou o São José nas oitavas, empatando por 3 a 3 na ida e vencendo na volta, em casa, por 3 a 2. Nas quartas de final, pela terceira vez seguida, o Joinville foi eliminado: após vencer a Assoeva por 3 a 2, saiu derrotado da segunda partida (2 a 1) e, com o placar zerado na prorrogação, perdeu a vaga para as semifinais nas penalidades.
Em 2017, o JEC/Krona viveu a melhor temporada de sua história. Com um aproveitamento perfeito na Taça Brasil, liderou o grupo da primeira fase — ao vencer todos os jogos —, eliminou o Minas na semifinal (2 a 1) e derrotou o Atlântico por 3 a 0 na final, vencendo o bicampeonato de forma invicta. O bom desempenho se repetiu na Liga Nacional, com apenas 2 derrotas em 16 partidas na fase classificatória. Classificado ao mata-mata, eliminou o Concórdia nas oitavas e o Atlântico nas quartas, ambos com um empate e uma vitória. Nas semifinais, ficou com a vaga vencendo o Foz Cataratas na prorrogação (2 a 1), depois de sofrer uma derrota na ida e aplicar 6 a 0 para igualar a série, em Joinville. O adversário da final foi a Assoeva, que havia sido algoz na edição anterior. O empate de 1 a 1 na ida assegurou a vantagem para o Tricolor, que só precisava vencer em casa. No entanto, a equipe gaúcha se defendeu bem e, com o empate de 2 a 2, o título foi decidido apenas na prorrogação: com gol solitário de Jackson Samurai, a vitória por 1 a 0 consagrou o primeiro título joinvilense na Liga Nacional.
Com o hexacampeonato estadual sobre o Concórdia, no final de dezembro, o Joinville se juntou a um seleto grupo de vencedores da tríplice coroa nacional. Apenas quatro equipes alcançaram o feito: Vasco, em 2000, Jaraguá, em 2008 e 2010, Carlos Barbosa, em 2009, e o JEC/Krona, em 2017. No ano seguinte, o sucesso não foi o mesmo. Logo em abril, foi superado pela ACBF por 4 a 1 na final da Libertadores, em Carlos Barbosa. Poucos meses depois, foi eliminado da Taça Brasil na fase de grupos, com apenas uma vitória. O segundo vice-campeonato do ano viria na Copa do Brasil, sofrendo duas derrotas para o Corinthians. O mês de novembro encerrou a temporada com outras duas eliminações: na Liga Nacional, o Joinville perdeu para o Sorocaba na prorrogação e caiu nas quartas de final, além de se despedir do estadual nas semifinais, diante do Tubarão.
Entre 2019 e 2021, os únicos títulos do JEC/Krona foram o Campeonato Catarinense de 2020, sobre a equipe de São Lourenço, e a Recopa Santa Catarina de 2021, superando o Joaçaba. Durante o período, também amargou três vice-campeonatos. Na Taça Brasil de 2021, goleou o Minas por 5 a 1 nas semifinais e acabou perdendo a decisão para o Sorocaba. Em 2019 e 2021, chegou à final do estadual e sofreu derrotas diante de Joaçaba (3 a 2, em final única) e Jaraguá (goleada por 4 a 0 na Arena Jaraguá e 8 a 4 no Cau Hansen), respectivamente. Para a temporada seguinte, o Joinville reformulou a comissão técnica e renovou com peças fundamentais do elenco, buscando recuperar o alto nível atingido em 2017.
Em 2022, a equipe apresentou evolução: disputando a Taça Brasil em casa, o JEC/Krona liderou a fase classificatória com 12 pontos em 4 partidas. No mata-mata, manteve o aproveitamento perfeito e venceu o Ceará por 4 a 2 na semifinal. A final guardou uma "revanche" da edição anterior, contra o Sorocaba. Dessa vez, o Joinville repetiu o placar de 4 a 2 e conquistou o tricampeonato. O ano também marcou o título inédito da Copa Santa Catarina, torneio que conferia vaga à próxima Copa do Brasil, com vitória na final sobre a equipe de Curitibanos (4 a 1 na ida e 6 a 3 na volta). Na Liga Nacional e no Campeonato Catarinense, campanhas que terminaram com eliminações precoces para Corinthians nas quartas e Tubarão nas semifinais, respectivamente.
Na temporada de 2023, de sete competições disputadas, o Joinville chegou a seis decisões. O ano começou com o primeiro título da Supercopa do Brasil, em Maracaju, com vitória por 4 a 1 sobre o Sorocaba e vaga garantida na Libertadores. No cenário estadual, o JEC/Krona conquistou a Recopa e o octacampeonato catarinense, ambos sobre o rival Jaraguá. Com o bom desempenho, o Tricolor viria a alcançar mais duas finais: sua segunda na Libertadores, perdendo para o Cascavel por 3 a 1, e a quarta final de Liga Nacional, onde foi superado pelo Atlântico, de virada, com dois gols restando menos de 30 segundos para o fim do jogo. Ainda restou tempo para a Copa do Brasil, onde chegou às oitavas e acabou eliminado com duas derrotas diante do Sorocaba.
Mantendo o alto investimento, o JEC/Krona iniciou o ano de 2024 com dois tetracampeonatos. Já em abril, venceu o Cunha Porã no Cau Hansen e conquistou a Recopa Santa Catarina. Em Sorriso, no Mato Grosso, o Joinville disputou a Taça Brasil e chegou ao quarto título, eliminando o Praia, até então atual campeão, e derrotando o Pato na decisão por 3 a 0. Sob comando de Herick Pereira, após a saída de Cassiano Klein para o Benfica, o Tricolor avançou ao mata-mata da Liga Nacional como o líder da primeira fase, com 55 pontos conquistados em 23 partidas. Depois de eliminar o Marreco nas oitavas, empatou com o Umuarama fora de casa pelas quartas e, na volta, acabou sendo surpreendido e derrotado por 4 a 3 em pleno Cau Hansen. O ginásio ainda seria palco do vice-campeonato catarinense diante do Jaraguá, com protestos da torcida após o apito final.
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