Depois do afastamento dos jesuítas espanhóis, que tiveram as suas reduções desmanteladas por ação dos bandeirantes paulistas, a principiar por Antônio Raposo Tavares, no século XVII, a região de vacaria, no planalto da Serra de Maracaju, onde se localiza o município, somente voltou a ser povoada quando Gabriel Francisco Lopes e seus irmãos Joaquim e José — este posteriormente conhecido como Guia Lopes — redescobriram aqueles campos, procedendo da então província de Minas Gerais e atravessando a região de Paranaíba. Gabriel Lopes trouxe, logo depois, o seu sogro Antônio Gonçalves Barbosa, que veio acompanhado pelo irmão Inocêncio Barbosa e suas famílias, estabelecendo-se nos campos que rapidamente se tornaram famosos, atraindo novas levas de mineiros que, em 1860, se instalaram na região sudoeste do planalto, fundando os núcleos que receberam as denominações de Água Fria e Santa Gertrudes.
A invasão do Paraguai por ocasião da Guerra do Paraguai, em 1864-1870, determinou o abandono das terras já cultivadas e dos extensos campos de pastagens, onde se iniciava a formação regular de rebanhos, tendo os colonos retornado a Minas Gerais e ao sudoeste de Mato Grosso até o fim das hostilidades e a consequente retirada dos invasores. João Pedro Fernandes, radicado no lugar denominado São Bento, no atual município de Sidrolândia, em 1922 transferiu-se com o seu comércio-farmácia Santa Rosa ao povoado pertencente ao município de Nioaque, na margem direita do rio Brilhante. Algum tempo depois, em consequência de um surto de malária, resolveu estabelecer-se na zona que hoje compreende a cidade de Maracaju, ali instalando a sua farmácia, atendendo assim ao apelo dos habitantes da redondeza. Data de 1923 a fundação do núcleo que hoje é a cidade de Maracaju.
Espírito esclarecedor e empreendedor, João Pedro Fernandes compreendeu a necessidade de instalar uma escola que preenchesse a lacuna então existente. Com o apoio dos moradores da região, organizou ele a "Sociedade Incentivadora da Instrução de Maracaju", instalada em 25 de dezembro de 1923. Nestor Pires Barbosa entregou, por doação à sociedade, 204 hectares de terras, para o fim especial de, nelas, serem construídas casas para abrigo das crianças que frequentassem a escola. Mais tarde, foram adquiridos mais 415 hectares, situados às margens do córrego Mont'Alvão, sendo então edificado um prédio para o funcionamento da escola. A nova povoação que assim surgiu recebeu o nome de Maracaju, topônimo do planalto e da serra em que se localizava.
Os primeiros moradores da região de Maracaju foram João Pedro Fernandes, Francisco Bernardes Ferreira, dona Fé Fernandes, Marcos dos Santos, José Pereira da Rosa, Gilberto Teixeira Alves, José Adrião Juquita, Antônio José Ferreira, Melanio Garcia Barbosa, José Pereira da Rosa Filho, Antonio Ferreira Ribeiro, Vitor Constantino Evanof, Antônio Aracaju, Saraiva Pereira da Rosa, Firmo Garcia de Limo, Olimpio Camargo, Bartolomeu Bueno da Costa, Abadio Romualdo, João Batista Pereira da Rosa, João Galberto Ferreira, Manoel Retamoso, Carlos Ferreira Tito, Arakaki Tokiti e Delfino Pereira Antonio.
O distrito de Maracaju foi criado pela resolução estadual nº 912, de 8 de julho de 1924, subordinado ao município de Nioaque. O crescente desenvolvimento da localidade, em poucos anos de vida, determinou a sua elevação à categoria de vila com território desmembrado do de Nioaque, pela lei estadual nº 987, de 7 de julho de 1928, com sede na antiga povoação de Josinópolis; a instalação ocorreu em 7 de setembro de 1928. A mesma lei transferiu para Maracaju a sede da comarca de Nioaque, ficando o município que dava nome reduzido a termo da mesma comarca. O primeiro prefeito municipal que assumiu na data de sua instalação foi João Pedro Fernandes, um dos principais fundadores da cidade, que naquela mesma data recebia a iluminação elétrica em funcionamento inaugural. A lei estadual nº 1.031, de 1 de outubro de 1929, elevou o então povoado à categoria de cidade e deu a denominação de Maracaju à comarca de Nioaque, com sede em Maracaju.
O decreto nº 115, de 31 de dezembro de 1937, por medida econômica, reduziu a comarca de Maracaju a termo de Campo Grande. Na divisão jurídica e administrativa do estado vigente a 31 de dezembro de 1937, aparece só o município de Maracaju, com dois distritos: o homônimo, como sede, e o de Vista Alegre, criado pela resolução nº 892, de 13 de julho de 1923. Em 1941, foi instalada na cidade a agência do Banco do Brasil e, em 25 de abril de 1944, a Estrada de Ferro Noroeste do Brasil inaugurou a estação ferroviária de Maracaju, localizada a três quilômetros da cidade — realizações que muito contribuíram para o maior desenvolvimento da mesma (o primeiro trem de passageiros teria chegado apenas em 1946), e a linha ficou ativa até 1 de junho de 1996.
Por força do decreto-lei federal nº 5.839, de 21 de setembro de 1943, o município passou a constituir, juntamente com outros, o Território Federal de Ponta Porã, voltando a ser reincorporado ao estado de Mato Grosso em 1946, por determinação das disposições constitucionais transitórias que extinguiram o mencionado território. Como território federal, a cidade de Maracaju foi designada como capital, determinação essa que foi transferida posteriormente para a cidade de Ponta Porã. Pelo decreto-lei federal nº 9.055, de 12 de março de 1946, o distrito de Vista Alegre tomou a denominação de Ervânia; em divisão territorial de 1949-1953, o município de Maracaju era constituído de dois distritos: o da sede e o de Ervânia (ex-Vista Alegre). Pela lei estadual nº 1.176, de 16 de dezembro de 1958, o distrito de Ervânia voltou a chamar-se Vista Alegre.
A partir de 1972 começam a chegar os imigrantes holandeses, e o município passa a ser o berço da imigração holandesa no estado. Em 1977, o município passou a fazer parte do atual estado de Mato Grosso do Sul, criado pela lei complementar federal nº 31, de 11 de outubro daquele ano.
