Apenas alguns meses após ficar viúva, a infanta se casou com o conde Carlos II de Alençon, em 13 de dezembro de 1336. Ele era filho do conde Carlos de Valois (também filho do rei Filipe III de França) e de sua primeira esposa, Margarida, Condessa de Anjou. Carlos também já tinha sido casado antes, com a condessa Joana de Joigny, que havia morrido há pouco tempo, em 2 setembro de 1336, três dias antes do primeiro marido de Maria.
O segundo casamento de Maria durou apenas nove anos, pois Carlos faleceu na Batalha de Crécy, em 1346. Eles tiveram cinco filhos, quatro meninos e uma menina.
Maria faleceu em 13 de março de 1375, com aproximadamente 56 anos de idade, e foi enterrada ao lado do segundo marido no Couvent des Jacobins de la rue Saint-Jacques, que hoje não existe mais. Eles foram reenterrados na Basílica de Saint-Denis, onde hoje estão as efígies do casal.
Descendência
Do primeiro casamento:
Luís I de Étampes (1336 – 6 de maio de 1400), sucessor do pai como conde e da mãe como senhor de Lunel. Foi casado com Joana de Brienne, senhora de Château-Chinon, e viúva de Gualtério VI de Brienne. Não teve descendência;
João de Étampes (1336 – após 1373), foi mantido como refém pelos ingleses em 1360, em troca da liberdade do rei João II de França.
Do segundo casamento:
Carlos III de Alençon (fevereiro de 1337 – 5 de julho de 1375), sucessor do pai como conde de Alençon e de Perche. Ele desistiu do título em 1361 para se tornar um monge dominicano no convento de Saint-Jacques, em Paris. Foi investido como arcebispo de Lião em 1365;
Pedro II de Alençon (1340 – 20 de setembro de 1404), sucessor do irmão. Foi marido de Maria Chamaillart, viscondessa de Beaumont-au-Maine, com quem teve oito filhos;
Roberto de Alençon (1344 – 1377), sucessor de Carlos III em Perche. Foi casado com Joana de Rohan, como seu primeiro marido, mas não teve filhos;
Isabel de Alençon (1346 – 3 de setembro de 1379), ingressou no Priorado de São Luís de Poissy como freira, e lá foi enterrada.
