Qualquer alteração relevante feita no protocolo, como a criação de um novo comando ou mudanças de sintaxe, resultava no incremento de uma unidade no número da versão no formato MSNP#. Durante o mês de outubro de 2003, a Microsoft começou a bloquear o acesso ao serviço Messenger utilizando versões inferiores ao MSNP8.
Em 11 de setembro de 2007, a Microsoft forçou a maioria dos usuários do MSN Messenger a atualizar para o Windows Live Messenger 8.1 devido a considerações de segurança.
Preocupações de segurança
Uma análise realizada em 2007 sobre o Microsoft Notification Protocol — que não usava criptografia em suas primeiras iterações — concluiu que seu projeto "não seguia vários princípios de projeto de sistemas seguros", resultando em uma "pletora de vulnerabilidades de segurança". Essas falhas foram demonstradas por meio da falsificação bem-sucedida da identidade de um usuário.
Histórico de versões
MSNP1: Versão interna e de desenvolvimento usada durante as primeiras fases do MSN Messenger 1.
MSNP2: Versão pré-lançamento disponibilizada aos desenvolvedores em 1999 por meio de um Internet Draft, embora o lançamento de produção tenha variado ligeiramente.
MSNP3: Suportado pelo MSN Messenger 2.0 e WebTV (MSN TV) Messenger. Introduziu o comando IMS para gerenciar sessões de painel de controle (switchboard).
MSNP4 & MSNP5: Implementados em julho de 2000 e usados pelo MSN Messenger 3.0 e 4.0.
MSNP6 & MSNP7: O MSNP6 foi usado por versões posteriores do MSN Messenger 4.x; o MSNP7 foi introduzido em 2002 com o MSN Messenger 5.0.
MSNP8: Introduziu a autenticação via servidores do Microsoft Passport e cadeias de desafio (challenge strings). Tornou-se a versão mínima necessária para o .NET Messenger Service. Suportava recursos de webcam e voz entre clientes do Windows Messenger.
MSNP9: Adicionou suporte para mensagens do "tipo D" (dados) para transferência de avatares e emoticons personalizados, transmissões de webcam quadro a quadro e melhorias na travessia de NAT.
MSNP10: Usado no MSN Messenger 6.1 com integração à lista de contatos do Hotmail.
MSNP11 & MSNP12: Usados no MSN Messenger 7.0 e 7.5, respectivamente.
MSNP13: Introduzido no Windows Live Messenger 8.0. Substituiu a sincronização da lista de contatos no lado do servidor por requisições SOAP para o Address Book Clearing House (ABCH).
MSNP14: Adicionou interoperabilidade com o Yahoo! Messenger.
MSNP15: Introduzido no Windows Live Messenger 8.1 (2006). Transicionou para a autenticação Single Sign-On (SSO / Relying Party Suite) em vez do Tweener (TWN).
MSNP16: Usado em versões pré-lançamento do Windows Live Messenger 9.0 (2007). Adicionou suporte a Múltiplos Pontos de Presença (MPOP).
MSNP17: Identificado nos servidores, mas nunca utilizado em lançamentos públicos oficiais.
MSNP18: Introduzido no Windows Live Messenger 2009 (14.0), adicionando grupos de conversas persistentes.