Anime Studio kan manipulera vektorer (och även bilder) genom att ge dem ett skelett, till vilket vektorerna binds. I de flesta fall är det betydligt smidigare än att ändra vektorer punkt för punkt, och det är en funktion som vanligtvis bara återfinns inom 3D-animation.
Anime Studio kan flytta och rotera bilder och vektorer i 3D.
Programmet kan skapa partikelsystem som gör det möjligt att massmultiplicera föremål, och programmera dem att gå i en specifik riktning med en viss hastighet. Med partikelsystemet kan du enkelt skapa effekter som explosioner, regn, snö eller vattenfall.
Läpprörelser kan skapas från ljudfiler, antingen manuellt eller automatiskt.
Anime Studio kan importera 3D-filer i .obj-format. Animationsmöjligheterna med 3D-föremål är dock i nuläget väldigt begränsade.
Verktygen är skrivna med programmeringsspråket Lua och användaren kan själv skapa egna verktyg och korrigera gamla.