Hallendorff var Handelshögskolan i Stockholms rektor 1909–1929 och professor i statsvetenskap och ekonomisk historia 1911–1929 vid samma högskola.
Utbildning
Hallendorff började studera vid Uppsala universitet 1888, blev fil.kand. 1890, fil.lic. 1895 och fil.dr 1897 på avhandlingen Bidrag till det stora nordiska krigets förhistoria.
Handelshögskolan var från det att den grundades till och med 1926 belägen i Brunkebergs hotell vid Brunkebergs torg 2 på Norrmalm i Stockholm. År 1926 flyttade Handelshögskolan i Stockholm från Brunkebergs hotell till en nyuppförd byggnad på Sveavägen 65 (skolans nuvarande lokaler). Carl Hallendorff efterträddes 1929 som rektor av Martin Fehr (rektor 1929–1936).
Familj
Fadern var comminister Johan Herman Hallendorff, född den 11 mars 1828 i Gamleby församling. Modern var Rosa Johanna Gustafva Cnattingius, född den 5 december 1840 i Flisby församling.
Studier öfver den äldre Karl XII:s historiografien. 1-2. Uppsala. 1899-1901. Libris2064517
Några blad ur Uplands historia. Uppsala. 1899. Libris2056324
Bidrag till frågan om publicerandet af Nordbergs Konung Carl XII:s historia: uppsatser. Studier öfver den äldre Karl XII:s historiografien, 99-2168135-4; 1. Upsala. 1899. Libris393271
Vårt folks historia. Stockholm. 1902. Libris970614 - Flera senare upplagor.
Ryska besöket i Norrköping 1719. Norrköping. 1902. Libris2056382
Karl XII och Lewenhaupt år 1708. Uppsala universitets årsskrift, 0372-4654; 1902: Filosofi...;[2]. Uppsala: Univ. 1902. Libris380486
Upplands landsbygd: korta härads- och sockenbeskrivningar / av C. Hallendorff, Sten Leijonhufvud. Uppsala. 1903. Libris2025685
Om Voltaire och Carl XII:s-forskningen. [Stockholm. 1918. Libris10796596
Sveriges riksbank 1668-1918: bankens tillkomst och verksamhet. 2. Stockholm: Norstedt [för Riksbanken]. 1919. Libris553641 - Häri: Riksens ständers bank, 1719-1766 / av Carl Hallendorff
Sveriges riksbank 1668-1918: bankens tillkomst och verksamhet. 3. Stockholm: Norstedt [för Riksbanken]. 1920. Libris553642 - Häri: Bankens öden från mössväldet till den andra realisationen, 1766-1803 / Carl Hallendorff
Svenska Handelsbanken: 1871-1921 : en minnesskrift. Stockholm. 1921. Libris60041
Från det svenska sedelmyntets äldsta tid: föredrag vid 1921 års ordinarie bankmöte. Skrifter, 99-0144970-7; 29. Stockholm: Norstedt. 1921. Libris1481927
Svenska brandtariff-föreningen 1873-1923: Minnesskrift vid föreningens femtio-årsjubileum. Stockholm: Sv. brandtariff-fören. 1923. Libris1474406
Sveriges historia till våra dagar. D. 12, Oskar I och Karl XV. Stockholm: Norstedt. 1923. Libris54178
Billing, Gottfrid(1928).Anteckningar från riksdagar och kyrkomöten 1893-1906 utgivna av Carl Hallendorff. Stockholm: Norstedt. Libris26306
Gustav II Adolf(1915).Tal och skrifter ett urval av Carl Hallendorff. Stockholm: Norstedt. Libris22237
Handlingar angående konung August den starkes utrikespolitik före hans afsättning år 1704 / utgifna ... genom Carl Hallendorff. Historiska handlingar, 0347-9579; 19 :2. Stockholm: [Nord. bokh.]. 1908. Libris488678
Historiska studier: tillägnade Harald Hjärne på hans sextioårsdag den 2 maj 1908 / af lärjungar. Uppsala. 1908. Libris8205736 - Innehåller: Förhandlingarna om de skandinaviska rikenas neutralitetsförklaring under Krimkriget / av Carl Hallendorff, s. 585-620.
Konung Gustaf II Adolfs tal och skrifter i urval / utg. af C. Hallendorff. För skola och hem, 99-2155916-8; 13. Stockholm: Ljus. 1901. Libris1726698
Sveriges riddarhus: ridderskapet och adeln och dess riddarhus / under redaktion av Carl Hallendorff. Stockholm: Historiska förlaget. 1926. Libris1335856