Jan II van Coninxlo, eller Jan van Coninxlo den yngre, född omkring 1489 i Bryssel, död troligen omkring 1560, var en flamländsk konstnär.
Uppgifterna om Jan van Coninxlos liv är fragmentariska. Han var sannolikt son till konstnären Jan van Coninxlo den äldre, gift med Elisabet Hasaert och far till konstnären Pieter van Coninxlo. Han verkade först i Bryssel och senare i Antwerpen från 1555.
Det finns fyra signerade verk av Jan II van Coninxlo och fem verk som attribueras till honom. Av dessa nio verk finns tre i Sverige. Vidare finns fem verk, varav tre i Sverige, vilka bedöms komma från van Conixlos verkstad, om än inte säkert från mästaren själv.