Jonatan eller Jonathan är ett mansnamn som betyder Jehova/Gud har givit, av det hebreiska יְהוֹנָתָן Yehonathan, då nathan är ett verb och betyder "att ge". I Romerska riket förekom även stavningen "Ionathanius".
I Bibeln var Jonatan son till kung Saul och vän med David. Efter Jonatans död blev hans son Mefivoshet, som blivit halt på grund av en olyckshändelse i samband med att nyheten om Jonatans död blev känd, omhändertagen av kung David.
Jonatan var ett av 1990-talets stora modenamn. Fortfarande får runt 500 pojkar varje år Jonatan som tilltalsnamn. Stavningen Jonathan dominerar bland de yngre. Den 31 december 2009 fanns det totalt 27 322 personer i Sverige med namnet, varav 20 335 med det som tilltalsnamn. År 2009 fick 448 pojkar namnet, att jämföra med 960 år 1998.
Namnsdag: 22 december (före 2001: 9 maj) tillsammans med Natanael. I den finlandssvenska namnsdagslängden har Jonatan namnsdag 26 januari sedan 1995.