Borgmästare
Joy Mogensen valdes in i kommunfullmäktige ("byrådet") i Roskilde 2005, där hon var viceborgmästare och senare gruppledare, ordförande för förebyggnads- och socialutskottet och ledamot i ekonomiskottet. Hon avlöste partikamraten Poul Lindor Nielsen som borgmästare. Borgmästarskiftet blev formellt bekräftat vid fullmäktigemötet den 25 maj 2011. Borgmästarskiftet var förväntat och dels av det konstitueringsavtal som skrevs efter kommunalvalet 2009, men tidpunkten var tidigare okänd. Den avgående borgmästaren fortsatte som ledamot perioden ut.
Vid kommunalvalet 2017 fick Joy Mogensen 14 961 personröster, vilket var det femte högsta antal personröster bland samtliga kandidater i valet i Danmark.
Kultur- och kyrkominister
Joy Mogensen tillträdde som kultur- och kyrkominister i Regeringen Mette Frederiksen den 27 juni 2019. Då Joy Mogensen gick på föräldraledighet 4 oktober 2019, fungerade Rasmus Prehn (dåvarande ministern for utvecklingssamarbete) som vikarie på kulturområdet och transportminister Benny Engelbrecht som vikarie på kyrkoområdet.
Mogensen fick kritik för hur förhandlingarna av hjälppaket till kulturlivet i samband med coronaviruspandemin 2020 genomfördes. Radikale Venstres kulturtalesperson, Zenia Stampe, uttalade t.ex.: “Vi har mistet tilliden til, at Joy Mogensen er i stand til at sikre, at vi fortsat har et rigt kulturliv efter krisen.” Ett avtal mellan regeringen, dess stödpartiet och Alternativet gav 437 miljoner DKK mellan 2021 och 2024 för att stärka kulturutbudet till barn och unga.
Joy Mogensen kallades 10 juni 2021 till samråd om radiostationen Radio Loud (en kanal som vunnit ett public service-kontrakt, men som hade mycket få lyssnare).
Den 15 augusti 2021 meddelade Mogensen i en facebookpost att hon önskade avgå som minister. Avgången skedde 16 augusti, då Mogensen ersattes av Ane Halsboe-Jørgensen. Mogensen var vald till folketingskandidat i Slagelse-kretsen i Själlands storkrets (där Roskilde ingår) inför följande folketingsval., men kom inte att ställa upp vid valet då hon lämnade politiken.
