2013 publicerade han The Problem of Political Authority, där han menar att moderna argument för politisk auktoritet misslyckas och att samhället kan fungera utan statligt tvång.
Fenomenal konservatism
Huemer har försvarat fenomenal konservatism, den epistemologiska uppfattningen att det är rimligt att anta att saker och ting är som de ser ut, förutom när det finns skäl att tvivla på detta.
Problemet med ondska
Huemer har sagt att ondska i världen, såsom barn med sjukdomar, är starka bevis på att en allsmäktig, allvetande och god Gud inte existerar.
Reinkarnation
Huemer försvarade reinkarnation i sin artikel från 2021, "Existence Is Evidence of Immortality". Han har hävdat att immateriella själar existerar, och år 2022 debatterade han med Graham Oppy om ämnet.
Djuretik
Angående etiken kring köttätande har Huemer kommenterat att "I den överväldigande majoriteten av fall har köttätare inga skäl som rimligen kan rättfärdiga den smärta och det lidande som orsakas av deras handlingar."
År 2016 debatterade han Bryan Caplan om den etiska behandlingen av djur, inklusive insekter. Angående att döda insekter har han hävdat att de inte föds upp under fruktansvärda förhållanden som djur på industriella djurfabriker och att djurhållning kräver att fler insekter dödas, och hävdat att det är "mycket mindre troligt att insekter känner smärta".
Hans bok från 2019, Dialogues on Ethical Vegetarianism, är en serie dialoger om etiken i att äta kött. Peter Singer, som skrev förordet till boken, kommenterade att "I framtiden, när folk frågar mig varför jag inte äter kött, kommer jag att be dem läsa den här boken."
Ostroveganism
Huemer förespråkar ostroveganism, en växtbaserad kost med tillsats av ostron och andra musslor. I en intervju 2023 uppgav Huemer att det är "fritt fram" att äta djur utan hjärnor, såsom pilgrimsmusslor, och att han även ibland äter ägg från betesmarker. Han har hävdat att det är omöjligt för musslor att känna smärta, eftersom de inte har någon hjärna.
Huemer, Michael(2018).”Part III: The Role of Property and the Market; Ch. 18: Is Wealth Redistribution a Rights Violation?”. iBrennan, Jason; van der Vossen, Bas; Schmidtz, David.The Routledge Handbook of Libertarianism. London and New York: Taylor & Francis Group. sid.259–271. ISBN 978-0367870591