Ninjas in Pyjamas bildades ursprungligen 2000. Laget vann det första världsmästerskapet CPL Winter i Counter-Strike 2001, då lagkamraterna HeatoN (Emil Christensen) och Potti (Tommy Ingemarsson) var med i uppställningen tillsammans med Hyb (Johan Carlund), ahl (Michael Korduner), Cogline (Alexis Wicen) och vesslan (Johan Ryman). Det sägs att det var just detta världsmästerskapet som fick NiP att få den enorma publiciteten och bli ett av de främsta lagen inom Counter-Strike. Innan dess hade i princip alla spelarna kommit från olika moderlag.
Efter vinsten 2001 var laget samspelta under drygt ett år, innan HeatoN och Potti började spela för Schroet Kommando (förkortat SK) under 2003 års säsong, och resten av spelarna gick åt olika håll. SK klassades som världens bästa, speciellt under 2003, och vann i princip alla tävlingar som fanns att vinna inom Counter-Strike under åren. Vinstpengar under 2003 var cirka 1,5 miljoner kronor. NiP grundades på nytt med en ny unik laguppställning, med spelare som walle (Dennis Wallenberg), ins (Oskar Holm), zet (Marcus Sundström), inklusive Potti och HeatoN.
Under åren 2005–2007 ändrades laguppställningen inom NiP. Emil Christensen, som vid rekryteringen hade varit en del av uppställningen, slog under en tid till som manager för laget, för att sedan återigen komma in med spelare som RobbaN, Tentpole, miniwalle och face. Laget hade inte några större framgångar och laget splittrades senare för sista gången.
I slutet av 2007 valde organisationen att lägga ner sin verksamhet.
Den 10 augusti 2012 tillkännagavs det att NiP hade bildats igen, med hjälp av Emil Christensen och Daniel Glimmerås. Ett lag med fem spelare (f0rest, Fifflarn, friberg, GeT_RiGhT, Xizt och THREAT) tävlade i mars 2017 i spelet Counter-Strike: Global Offensive. Ägare är den före detta NiP-spelaren och managern Emil "HeatoN" Christensen. Den 22 maj 2013 tillkännagavs även att NiP utökat till League of Legends.
Rattgatan 7 i Landskrona, där företaget Ninjas in Pyjamas Gaming AB är registrerat.
Spelare
Lista över personer som spelar eller har spelat för Ninjas in Pyjamas. Rubriker efter spel.