Historiarium et observationum medico-physicarum centuria, 1653, 1656;
Bibliotheca chimica, 1654
Trésor de recherches et d'antiquités gauloises et françaises, 1655
Historiarium et observationum medico-physicarum centuriae IV
De vero telescopii inventore, 1655
Vie de Descartes, 1656
De vero telescopii inventore, 1656
Observationum microscopicarum centuria, 1656
Discours nouveau prouvant la pluralité des mondes, 1657
Hortus seu armentarium simplicium, mineralium, plantarum et animalium ad artem medicam utilum, 1666
Pierre Borel i populärkultur
Borel nämns i två av H.P. Lovecrafts skönlitterära verk. Fallet Charles Dexter Ward inleds med ett stycke om att återuppväcka döda som tillskrivs Borellus; Lovecraft hämtade det närmast från Cotton Mather och det är oklart vilken Borellus som åsyftas. Borellus nämns också i "Prästmannen", som dock inte är en novell utan en beskrivning av en dröm hämtad från ett brev.
