Oyun, Black Mesa'da çalışan güvenlik görevlisi Barney Calhoun'un gözünden tesiste yaşananları konu almaktadır. Diğer Half-Life eklentileri ile aynı zaman diliminde geçtiği için çeşitli kesişmeler vardır.
Kurgu
Blue Shift, güvenlik görevlisi Calhoun'un tesisten kaçma çabasını, bu yolda birlikte çalıştığı araştırma takımı üyelerinin yaşadıklarını konu almaktadır. Half-Life'da ters giden deney sonucu yaşananları benzer, ama farklı bir açıdan göstermektedir.
