Parahoxozoa

ParaHoxozoa
Yaşadığı dönem aralığı: 605,2-0 myö
Ediyakaran-Günümüz
Trichoplax adhaerens
Biyolojik sınıflandırma Bu sınıflandırmayı düzenle
Âlem: Animalia
Alt âlem: Eumetazoa
Klad: ParaHoxozoa
Ryan vd., 2010
Kladlar

ParaHoxozoa (veya Parahoxozoa), Bilateria, Placozoa ve Cnidaria'dan oluşan bir hayvan kladıdır. Bu kladın diğer iki hayvan soyu olan Ctenophora ve Porifera ile ilişkisi tartışmalıdır. Bazı filogenomik çalışmalar, Ctenophora'nın Parahoxozoa'nın kardeş grubu, Porifera'nın da diğer hayvanlarla kardeş grubu olduğunu destekleyen kanıtlar sunmuştur (örn.). Bazı araştırmalar, Porifera'nın Parahoxozoa'nın ve Ctenophora'nın diğer hayvanların kardeş grubu olduğunu destekleyen kanıtlar sunmuştur (örn.).

Bu filogenomik çalışmaların büyük çoğunluğu ile uyumlu olan aşağıdaki ağaç, bu belirsizliği bir politomi ile aktarmaktadır.

Choanozoa
 

Choanoflagellata

 
Animalia
 

Ctenophora

 
 

Porifera

 
Parahoxozoa
 

Placozoa

 
Planulozoa
 

Cnidaria

 
 

Bilateria

 
 
 
 
 

Karakteristik

Parahoxozoa, kladın adını aldığı Hox/ParaHox-ANTP'nin yanı sıra, birkaç gen altsınıfının (HNF, CUT, PROS, ZF, CERS, K50, S50-PRD) varlığıyla da tanımlandı. Daha sonra Hox/ParaHox, NK geni ve Cdx Parahox geninin aynı sınıfta (ANTP) ve sünger olan Porifera'da mevcut olduğu iddia edildi. ParaHox geninin kesin olarak tanımlanıp tanımlanmadığına bakılmaksızın, Parahoxozoa, orijinal olarak tanımlandığı gibi monofiletik olduğundan bu şekilde kullanılmaya devam eder.

Planula-acoel, triploblasti ve bilateria benzerlikleri

Orijinal Bilateria'nın, tek vücut açıklığına sahip, dipte yaşayan bir solucan olduğu varsayılmaktadır. Bununla birlikte, Ctenophora ile içten bir gelişmişlik de olabilir. İç-bağırsak, dudakların kaynaşmasıyla tek bir açıklığın köşelerinden gelişmiş de olabilir. Örneğin: Acoela, bazı bilaterian simetrilerini sergileyen bazı Cnidaria'ların planula larvalarına benzer. Tıpkı Cnidarian Buddenbrockia'nın olduğu gibi vermiformdur ve Placozoa'nın planulayla benzerlikler kaydedilmiştir. Genellikle, "Planulozoa", Placozoa'nın dışında tutulur, ancak her zaman geçerli değildir. Bu konuda Parahoxozoa ile eş anlamlı görünmektedir. Ayrıca, Triploblasti'de Cnidara-Bilateria radyasyonundan önce gelişmiştir.

Kaynakça

  1. ↑
    • Giribet, Gonzalo (2016). "Genomics and the animal tree of life: conflicts and future prospects". Zoologica Scripta (İngilizce). Cilt 45. ss. 14–21. doi:10.1111/zsc.12215. ISSN 1463-6409.
    • Ryan, Joseph F.; Pang, Kevin; Mullikin, James C.; Martindale, Mark Q.; Baxevanis, Andreas D. (2010). "The homeodomain complement of the ctenophore Mnemiopsis leidyi suggests that Ctenophora and Porifera diverged prior to the ParaHoxozoa". EvoDevo. 1 (1). s. 9. doi:10.1186/2041-9139-1-9. ISSN 2041-9139. PMC 2959044 Özgürce erişilebilir. PMID 20920347.
  2. ↑ Ryan, Joseph F.; Pang, Kevin; Mullikin, James C.; Martindale, Mark Q.; Baxevanis, Andreas D. (4 Ekim 2010). "The homeodomain complement of the ctenophore Mnemiopsis leidyi suggests that Ctenophora and Porifera diverged prior to the Parahoxozoa". EvoDevo. 1 (1): 9. doi:10.1186/2041-9139-1-9. ISSN 2041-9139. PMC 2959044 Özgürce erişilebilir. PMID 20920347.
  3. ↑ Pick, K. S.; Philippe, H.; Schreiber, F.; Erpenbeck, D.; Jackson, D. J.; Wrede, P.; Wiens, M.; Alie, A.; Morgenstern, B.; Manuel, M.; Worheide, G. (2010). "Improved Phylogenomic Taxon Sampling Noticeably Affects Nonbilaterian Relationships". Molecular Biology and Evolution. 27 (9): 1983-1987. doi:10.1093/molbev/msq089. ISSN 0737-4038. PMC 2922619 Özgürce erişilebilir. PMID 20378579.
  4. ↑ Nosenko, Tetyana; Schreiber, Fabian; Adamska, Maja; Adamski, Marcin; Eitel, Michael; Hammel, Jörg; Maldonado, Manuel; Müller, Werner E.G.; Nickel, Michael; Schierwater, Bernd; Vacelet, Jean; Wiens, Matthias; Wörheide, Gert (2013). "Deep metazoan phylogeny: When different genes tell different stories". Molecular Phylogenetics and Evolution. 67 (1): 223-233. doi:10.1016/j.ympev.2013.01.010. ISSN 1055-7903. PMID 23353073.
  5. ↑ Pisani, Davide; Pett, Walker; Dohrmann, Martin; Feuda, Roberto; Rota-Stabelli, Omar; Philippe, Hervé; Lartillot, Nicolas; Wörheide, Gert (15 Aralık 2015). "Genomic data do not support comb jellies as the sister group to all other animals". Proceedings of the National Academy of Sciences. 112 (50): 15402-15407. Bibcode:2015PNAS..11215402P. doi:10.1073/pnas.1518127112. ISSN 0027-8424. PMC 4687580 Özgürce erişilebilir. PMID 26621703.
  6. ↑ Feuda, Roberto; Dohrmann, Martin; Pett, Walker; Philippe, Hervé; Rota-Stabelli, Omar; Lartillot, Nicolas; Wörheide, Gert; Pisani, Davide (2017). "Improved Modeling of Compositional Heterogeneity Supports Sponges as Sister to All Other Animals". Current Biology. 6 (24): 3864-3870.e4. doi:10.1016/j.cub.2017.11.008. PMID 29199080.
  7. ↑ Simion, Paul; Philippe, Hervé; Baurain, Denis; Jager, Muriel; Richter, Daniel J.; Franco, Arnaud Di; Roure, Béatrice; Satoh, Nori; Quéinnec, Éric (3 Nisan 2017). "A Large and Consistent Phylogenomic Dataset Supports Sponges as the Sister Group to All Other Animals" (PDF). Current Biology (Submitted manuscript). 27 (7): 958-967. doi:10.1016/j.cub.2017.02.031. ISSN 0960-9822. PMID 28318975. 25 Nisan 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF)21 Temmuz 2021.
  8. ↑ Leclère, Lucas; Horin, Coralie; Chevalier, Sandra; Lapébie, Pascal; Dru, Philippe; Peron, Sophie; Jager, Muriel; Condamine, Thomas; Pottin, Karen; Romano, Séverine; Steger, Julia; Sinigaglia, Chiara; Barreau, Carine; Quiroga Artigas, Gonzalo; Ruggiero, Antonella; Fourrage, Cécile; Kraus, Johanna E. M.; Poulain, Julie; Aury, Jean-Marc; Wincker, Patrick; Quéinnec, Eric; Technau, Ulrich; Manuel, Michaël; Momose, Tsuyoshi; Houliston, Evelyn; Copley, Richard R. (2019). "The genome of the jellyfish Clytia hemisphaerica and the evolution of the cnidarian life-cycle". Nature Ecology & Evolution. 3 (5): 801-810. doi:10.1038/s41559-019-0833-2. ISSN 2397-334X. PMID 30858591.
  9. ↑ Dunn, Casey W.; Hejnol, Andreas; Matus, David Q.; Pang, Kevin; Browne, William E.; Smith, Stephen A.; Seaver, Elaine; Rouse, Greg W.; Obst, Matthias; Edgecombe, Gregory D.; Sørensen, Martin V.; Haddock, Steven H. D.; Schmidt-Rhaesa, Andreas; Okusu, Akiko; Kristensen, Reinhardt Møbjerg; Wheeler, Ward C.; Martindale, Mark Q.; Giribet, Gonzalo (2008). "Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life". Nature. 452 (7188): 745-749. Bibcode:2008Natur.452..745D. doi:10.1038/nature06614. ISSN 0028-0836. PMID 18322464.
  10. ↑ Hejnol, Andreas; Obst, Matthias; Stamatakis, Alexandros; Ott, Michael; Rouse, Greg W.; Edgecombe, Gregory D.; Martinez, Pedro; Baguñà, Jaume; Bailly, Xavier; Jondelius, Ulf; Wiens, Matthias; Müller, Werner E. G.; Seaver, Elaine; Wheeler, Ward C.; Martindale, Mark Q.; Giribet, Gonzalo; Dunn, Casey W. (2009). "Assessing the root of bilaterian animals with scalable phylogenomic methods". Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 276 (1677): 4261-4270. doi:10.1098/rspb.2009.0896. ISSN 0962-8452. PMC 2817096 Özgürce erişilebilir. PMID 19759036.
  11. ↑ Ryan, J. F.; Pang, K.; Schnitzler, C. E.; Nguyen, A.-D.; Moreland, R. T.; Simmons, D. K.; Koch, B. J.; Francis, W. R.; Havlak, P.; Smith, S. A.; Putnam, N. H.; Haddock, S. H. D.; Dunn, C. W.; Wolfsberg, T. G.; Mullikin, J. C.; Martindale, M. Q.; Baxevanis, A. D. (2013). "The Genome of the Ctenophore Mnemiopsis leidyi and Its Implications for Cell Type Evolution". Science. 342 (6164): 1242592. doi:10.1126/science.1242592. ISSN 0036-8075. PMC 3920664 Özgürce erişilebilir. PMID 24337300.
  12. ↑ Moroz, Leonid L.; Kocot, Kevin M.; Citarella, Mathew R.; Dosung, Sohn; Norekian, Tigran P.; Povolotskaya, Inna S.; Grigorenko, Anastasia P.; Dailey, Christopher; Berezikov, Eugene; Buckley, Katherine M.; Ptitsyn, Andrey; Reshetov, Denis; Mukherjee, Krishanu; Moroz, Tatiana P.; Bobkova, Yelena; Yu, Fahong; Kapitonov, Vladimir V.; Jurka, Jerzy; Bobkov, Yuri V.; Swore, Joshua J.; Girardo, David O.; Fodor, Alexander; Gusev, Fedor; Sanford, Rachel; Bruders, Rebecca; Kittler, Ellen; Mills, Claudia E.; Rast, Jonathan P.; Derelle, Romain; Solovyev, Victor V.; Kondrashov, Fyodor A.; Swalla, Billie J.; Sweedler, Jonathan V.; Rogaev, Evgeny I.; Halanych, Kenneth M.; Kohn, Andrea B. (2014). "The ctenophore genome and the evolutionary origins of neural systems". Nature. 510 (7503): 109-114. Bibcode:2014Natur.510..109M. doi:10.1038/nature13400. ISSN 0028-0836. PMC 4337882 Özgürce erişilebilir. PMID 24847885.
  13. ↑ Chang, E. Sally; Neuhof, Moran; Rubinstein, Nimrod D.; Diamant, Arik; Philippe, Hervé; Huchon, Dorothée; Cartwright, Paulyn (2015). "Genomic insights into the evolutionary origin of Myxozoa within Cnidaria". Proceedings of the National Academy of Sciences. 112 (48): 14912-14917. Bibcode:2015PNAS..11214912C. doi:10.1073/pnas.1511468112. ISSN 0027-8424. PMC 4672818 Özgürce erişilebilir. PMID 26627241.
  14. ↑ Whelan, Nathan V.; Kocot, Kevin M.; Moroz, Leonid L.; Halanych, Kenneth M. (2015). "Error, signal, and the placement of Ctenophora sister to all other animals". Proceedings of the National Academy of Sciences. 112 (18): 5773-5778. Bibcode:2015PNAS..112.5773W. doi:10.1073/pnas.1503453112. ISSN 0027-8424. PMC 4426464 Özgürce erişilebilir. PMID 25902535.
  15. ↑ Torruella, Guifré; de Mendoza, Alex; Grau-Bové, Xavier; Antó, Meritxell; Chaplin, Mark A.; del Campo, Javier; Eme, Laura; Pérez-Cordón, Gregorio; Whipps, Christopher M.; Nichols, Krista M.; Paley, Richard; Roger, Andrew J.; Sitjà-Bobadilla, Ariadna; Donachie, Stuart; Ruiz-Trillo, Iñaki (2015). "Phylogenomics Reveals Convergent Evolution of Lifestyles in Close Relatives of Animals and Fungi". Current Biology. 25 (18): 2404-2410. doi:10.1016/j.cub.2015.07.053. ISSN 0960-9822. PMID 26365255.
  16. ↑ Borowiec, Marek L.; Lee, Ernest K.; Chiu, Joanna C.; Plachetzki, David C. (2015). "Extracting phylogenetic signal and accounting for bias in whole-genome data sets supports the Ctenophora as sister to remaining Metazoa". BMC Genomics. 16 (1): 987. doi:10.1186/s12864-015-2146-4. ISSN 1471-2164. PMC 4657218 Özgürce erişilebilir. PMID 26596625.
  17. ↑ Shen, Xing-Xing; Hittinger, Chris Todd; Rokas, Antonis (2017). "Contentious relationships in phylogenomic studies can be driven by a handful of genes". Nature Ecology & Evolution. 1 (5): 126. doi:10.1038/s41559-017-0126. ISSN 2397-334X. PMC 5560076 Özgürce erişilebilir. PMID 28812701.
  18. ↑ Arcila, Dahiana; Ortí, Guillermo; Vari, Richard; Armbruster, Jonathan W.; Stiassny, Melanie L. J.; Ko, Kyung D.; Sabaj, Mark H.; Lundberg, John; Revell, Liam J.; Betancur-R., Ricardo (2017). "Genome-wide interrogation advances resolution of recalcitrant groups in the tree of life". Nature Ecology & Evolution. 1 (2): 20. doi:10.1038/s41559-016-0020. ISSN 2397-334X. PMID 28812610.
  19. ↑ Whelan, Nathan V.; Kocot, Kevin M.; Moroz, Tatiana P.; Mukherjee, Krishanu; Williams, Peter; Paulay, Gustav; Moroz, Leonid L.; Halanych, Kenneth M. (2017). "Ctenophore relationships and their placement as the sister group to all other animals". Nature Ecology & Evolution. 1 (11): 1737-1746. doi:10.1038/s41559-017-0331-3. ISSN 2397-334X. PMC 5664179 Özgürce erişilebilir. PMID 28993654.
  20. ↑ Pandey, Akanksha; Braun, Edward L. (2021). "The Roles of Protein Structure, Taxon Sampling, and Model Complexity in Phylogenomics: A Case Study Focused on Early Animal Divergences". Biophysica. 1 (2): 87-105. doi:10.3390/biophysica1020008. ISSN 2673-4125.
  21. ↑ Laumer, Christopher E.; Fernández, Rosa; Lemer, Sarah; Combosch, David; Kocot, Kevin M.; Riesgo, Ana; Andrade, Sónia C. S.; Sterrer, Wolfgang; Sørensen, Martin V.; Giribet, Gonzalo (2019). "Revisiting metazoan phylogeny with genomic sampling of all phyla". Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 286 (1906): 20190831. doi:10.1098/rspb.2019.0831. ISSN 0962-8452. PMC 6650721 Özgürce erişilebilir. PMID 31288696.
  22. ↑ Jeon, Yeonsu; Park, Seung Gu; Lee, Nayun; Weber, Jessica A; Kim, Hui-Su; Hwang, Sung-Jin; Woo, Seonock; Kim, Hak-Min; Bhak, Youngjune; Jeon, Sungwon; Lee, Nayoung; Jo, Yejin; Blazyte, Asta; Ryu, Taewoo; Cho, Yun Sung; Kim, Hyunho; Lee, Jung-Hyun; Yim, Hyung-Soon; Bhak, Jong; Yum, Seungshic; Ochman, Howard (2019). "The Draft Genome of an Octocoral, Dendronephthya gigantea". Genome Biology and Evolution. 11 (3): 949-953. doi:10.1093/gbe/evz043. ISSN 1759-6653. PMC 6447388 Özgürce erişilebilir. PMID 30825304.
  23. ↑ Kim, Hak-Min; Weber, Jessica A.; Lee, Nayoung; Park, Seung Gu; Cho, Yun Sung; Bhak, Youngjune; Lee, Nayun; Jeon, Yeonsu; Jeon, Sungwon; Luria, Victor; Karger, Amir; Kirschner, Marc W.; Jo, Ye Jin; Woo, Seonock; Shin, Kyoungsoon; Chung, Oksung; Ryu, Jae-Chun; Yim, Hyung-Soon; Lee, Jung-Hyun; Edwards, Jeremy S.; Manica, Andrea; Bhak, Jong; Yum, Seungshic (2019). "The genome of the giant Nomura's jellyfish sheds light on the early evolution of active predation". BMC Biology. 17 (1): 28. doi:10.1186/s12915-019-0643-7. ISSN 1741-7007. PMC 6441219 Özgürce erişilebilir. PMID 30925871.
  24. ↑ Erives, Albert; Fritzsch, Bernd (2020). "A Screen for Gene Paralogies Delineating Evolutionary Branching Order of Early Metazoa". G3: Genes, Genomes, Genetics. 10 (2): 811-826. doi:10.1534/g3.119.400951. ISSN 2160-1836. PMC 7003098 Özgürce erişilebilir. PMID 31879283.
  25. ↑ Fortunato, Sofia A. V.; Adamski, Marcin; Ramos, Olivia Mendivil; Leininger, Sven; Liu, Jing; Ferrier, David E. K.; Adamska, Maja (30 Ekim 2014). "Calcisponges have a ParaHox gene and dynamic expression of dispersed NK homeobox genes". Nature. 514 (7524): 620-623. Bibcode:2014Natur.514..620F. doi:10.1038/nature13881. hdl:10023/6597. ISSN 0028-0836. PMID 25355364.
  26. ↑ Larroux, Claire; Fahey, Bryony; Degnan, Sandie M.; Adamski, Marcin; Rokhsar, Daniel S.; Degnan, Bernard M. (1996). "The NK Homeobox Gene Cluster Predates the Origin of Hox Genes". Current Biology. 17 (8): 706-710. doi:10.1016/j.cub.2007.03.008. PMID 17379523.
  27. ↑ Ryan, Joseph F.; DeBiasse, Melissa B.; Pastrana, Claudia C. (2019). "Sponges lack ParaHox genes". Genome Biology and Evolution. 11 (4): 1250-1257. doi:10.1093/gbe/evz052. PMC 6486804 Özgürce erişilebilir. PMID 30859199.
  28. ↑ Giribet, Gonzalo (1 Ekim 2016). "Genomics and the animal tree of life: conflicts and future prospects". Zoologica Scripta. 45: 14-21. doi:10.1111/zsc.12215. ISSN 1463-6409.
  29. ↑ Cannon, Johanna Taylor; Vellutini, Bruno Cossermelli; Smith, Julian; Ronquist, Fredrik; Jondelius, Ulf; Hejnol, Andreas (2016). "Xenacoelomorpha is the sister group to Nephrozoa". Nature (Submitted manuscript). 530 (7588): 89-93. Bibcode:2016Natur.530...89C. doi:10.1038/nature16520. PMID 26842059. 24 Mayıs 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi21 Temmuz 2021.
  30. ↑ Browne, William E.; Amemiya, Chris T.; Swalla, Billie J.; Warren, Kaitlyn J.; Vandepas, Lauren E.; Presnell, Jason S. (24 Ekim 2016). "The Presence of a Functionally Tripartite Through-Gut in Ctenophora Has Implications for Metazoan Character Trait Evolution". Current Biology (İngilizce). 26 (20): 2814-2820. ISSN 0960-9822. PMID 27568594.
  31. ↑ Jiménez-Guri, Eva; Philippe, Hervé; Okamura, Beth; Holland, Peter W. H. (6 Temmuz 2007). "Buddenbrockia Is a Cnidarian Worm". Science (İngilizce). 317 (5834): 116-118. Bibcode:2007Sci...317..116J. ISSN 0036-8075. PMID 17615357.
  32. ↑ Baguñà, Jaume; Martinez, Pere; Paps, Jordi; Riutort, Marta (27 Nisan 2008). "Back in time: a new systematic proposal for the Bilateria". Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences (İngilizce). 363 (1496): 1481-1491. ISSN 0962-8436. PMC 2615819 Özgürce erişilebilir. PMID 18192186.
  33. ↑ Genikhovich, Grigory; Technau, Ulrich (1 Ekim 2017). "On the evolution of bilaterality". Development (İngilizce). 144 (19): 3392-3404. ISSN 0950-1991. PMID 28974637.
  34. ↑ Syed, Tareq; Schierwater, Bernd (2002). "The evolution of the placozoa: A new morphological model". Senckenbergiana Lethaea (İngilizce). 82 (1): 315-324. ISSN 0037-2110.
  35. ↑ Wallberg, Andreas; Thollesson, Mikael; Farris, James S.; Jondelius, Ulf (2004). "The phylogenetic position of the comb jellies (Ctenophora) and the importance of taxonomic sampling". Cladistics (İngilizce). 20 (6): 558-578. ISSN 0748-3007.
  36. ↑ Boero, F.; Schierwater, B.; Piraino, S. (1 Haziran 2007). "Cnidarian milestones in metazoan evolution". Integrative and Comparative Biology (İngilizce). 47 (5): 693-700. ISSN 1540-7063. PMID 21669750.