Stokhuset var en straffeanstalt i København beliggende på hjørnet mellem Stokhusgade og Øster Voldgade. Det blev oprettet i 1670 som et stokhus, hvilket vil sige et militært arresthus hvor fangernes ankler var fastlåste i vandrette stokke med udskårne huller efter samme princip som i en gabestok. Fra 1741, efter nedlæggelsen af fængslet Trunken på Bremerholm, blev det tillige et civilt fængsel hvor fangerne udførte straffearbejde i lænker. Fangerummene var lavloftede og ofte overfyldte. Der var i perioder omkring 500 fanger i Stokhuset. Stokhuset blev også kaldt Slaveriet.
Fængslet blev nedlagt i 1851, og bygningen nedrevet i 1923.
Stokhuset var hjemsted for Inkvisitionskommissionen, som også blev kaldt Stokhuskommissionen. Den blev oprettet i 1686 og stod for forhør og domfældelse af personer mistænkt for tyveri, hæleri, usædelighed, løsgængeri, samt indgåelse af pagt med Fanden. Kommissionen havde indtil 1837 tilladelse til at anvende tortur ved sine forhør. Det kunne være brug af tommelskruer, at rulle nøgne fanger på små tilhuggede flintesten, paternoster-krans (snor med knuder som blev strammet omkring offerets hoved) og andet. Anvendelse af tortur blev forbudt i 1837, og Inkvisitionskommissionen blev nedlagt i 1842.
