Das Edinburgh Philosophical Journal wurde 1819 von Robert Jameson und David Brewster als wissenschaftliche Zeitschrift gegründet, um Artikel über die neuesten Erkenntnisse der Zeit zu veröffentlichen. 1826 zerstritten sich die beiden Herausgeber, und Jameson führte die Zeitschrift unter dem Namen Edinburgh New Philosophical Journal weiter. Jameson starb 1854, und seine Nachfolge als Herausgeber übernahmen Thomas Anderson, Sir William Jardine, John Hutton Balfour und, für Amerika, Henry Darwin Rogers. 1864 fusionierte die Zeitschrift mit dem Quarterly Journal of Science in London.
Das Edinburgh Philosophical Journal wurde von Archibald Constable and Company verlegt, 1826 übernahm dann Adam Black, später A & C Black in Edinburgh die Publikation des Edinburgh New Philosophical Journal. Die Zeitschrift behandelte neue wissenschaftliche Entwicklungen in Chemie, Optik, Elektrizität, Magnetismus und Naturgeschichte sowie verwandte Themen wie praktische Mechanik, Erfindungen und wissenschaftliche Instrumente. Neben Artikeln der Herausgeber veröffentlichte sie Beiträge vieler führender Wissenschaftler jener Zeit, darunter Charles Babbage, John Herschel, Robert Stevenson, William Scoresby, Alexander von Humboldt und Humphry Davy.
Es war eine der Publikationsmöglichkeiten der Royal Society of Edinburgh und veröffentlichte nach 1839 die Tagungsberichte der Wernerian Natural History Society.