Bereits während ihres Studiums arbeitete sie bei der Kulturzeitschrift «du», wo sie bis 2004 als Redakteurin tätig war. Danach erfolgten Tätigkeiten am Kunstmuseum Thun und Kunsthaus Langenthal. Seit 1. Oktober 2011 ist Fanni Fetzer die Direktorin des Kunstmuseum Luzern. Zu ihren grössten Erfolgen gehören die Ausstellungen «Turner. Das Meer und die Alpen» (2019), «David Hockney. Moving Focus» (2022) und «Ugo Rondinone. Cry Me a River» (2024). 2025 zeigte sie die Rekonstruktion der Ausstellung «These, Antithese, Synthese» von 1935 unter dem Titel «Kandinsky, Picasso, Miró et al. zurück in Luzern».
Fanni Fetzer ist Mitglied der Association Internationale des Critiques d’Art (AICA), der International Association of Curators of Contemporary Art (IKT), des International Council of Museums (ICOM), der Vereinigung der Kunsthistorikerinnen und Kunsthistoriker in der Schweiz (VKKS), des International Committee for Museums and Collections of Modern Art (CIMAM), der Vereinigung Schweizer Institutionen für zeitgenössische Kunst (VSIZK) und der Vereinigung Schweizer Kunstmuseen (VSK/AMAS).
Marion Baruch (Hg. zusammen mit Noah Stolz). Mousse Publishing, Mailand 2020, ISBN 978-88-6749-406-4.
Clemens von Wedemeyer, Illusion einer Menschenmenge. (Hg. Zusammen mit Stiftung Galerie für zeitgenössische Kunst Leipzig). Archive Books, Berlin 2020, ISBN 978-3-948212-23-0.
Michael Buthe, Retrospektive. (Hg. Zusammen mit S.M.A.K. Gent, Haus der Kunst München). Hatje Catz, München 2015, ISBN 978-3-7757-4039-5.
Sharon Lockhart: Milena, Milena. (Hg. Zusammen mit Bonniers Konsthall, Stockholm; Centre for Contemporary At, Ujazdowski Castle, Warschau). Silvana Editoriale, 2015, ISBN 978-88-366-3060-8.
Candida Höfer, Düsseldorf. (Hg. Zusammen mit Stiftung Museum Kunstpalast Düsseldorf). Richter Fey, Düsseldorf 2013, ISBN 978-3-941263-56-7.
Thomas Schütte, Houses. (Hg. Zusammen mit Castello Rivoli, Turin, NMNM Nouveau Musée National Monaco). Richter Fey, Düsseldorf 213, ISBN 978-3-941263-47-5.
2018: Im Paternoster mit Mika Rottenberg. In: Mika Rottenberg.Kunsthaus Bregenz.
2013: Die Ermöglicherin! In: Ida Ekblad. Ausstellungskatalog. Kunstmuseum Luzern; National Museum of Norway; De Vleeshal Middleburg; Distanz, Berlin.
2013: Christine und Irene Hohenbüchler im Gespräch. In: Künstlerpaare. Ausstellungskatalog. Bündner Kunstmuseum, Chur.
2009: Scherz, Satire, Ironie und tiefere Bedeutung. In: Francisco Sierra, A Parallel Universe. Ausstellungskatalog. Kunsthaus Langenthal, Wilhelm-Hack-Museum Ludwigshafen am Rhein.
2009: Existiert die Schweiz? Lagebericht zur Schweizer Kunstszene der Gegenwart mit einem Ausflug zu Athene Galiciadis, David Renggli und Ana Roldan. In: Gipfeltreffen. Junge Bildhauerei aus der Schweiz und aus Deutschland. Ausstellungskatalog. Kunst im Tunnel KIT, Düsseldorf.
2008: Es war einmal... Zu den Projektionen unseres Selbst in Gitte Schäfers Werk. In: Gitte Schäfer. Ausstellungskatalog. FRAC Bourgogne, Dijon.
2006: The Questions to your Answers. Im Gespräch mit Marie-Antoinette Chiarenza und Daniel Hauser von RELAX. In: Prix Meret Oppenheim. Bundesamt für Kultur, Bern.
2006: Im Gespräch mit dem Künstler. In: Vittorio Santoro. Everything’s Not Lost. Revolver Verlag, Frankfurt am Main.
2003: Olafur Eliasson: Natürliches und künstliches Moos. In: du. Nr. 4.
2002: Mehr Spass: Ein Gespräch mit Rosemarie Trockel, Marcel Odenbach und Carsten Höller. In: Rosemarie Trockel. Sie kam und blieb. In: du, Nr. 4.
2000: Die liebe Zarin. Porträt einer Kunstliebhaberin. In: Paul Klee. Der Künstler und die Sammlerin. In: du, Nr. 2.
Verantwortete Ausstellungen (Auswahl)
2025: Kandinky, Picasso, Miró et al. zurück in Luzern.
2020: Marion Baruch, Retrospektive – innenausseninnen. In Kooperation mit Le Magasin Grenoble, Les abatoires, Toulouse, Museum of Art Timisoara, MA*GA Gallarate.