Fanny Brunner ist die Tochter der Tänzerin Christl Zimmerl und des späteren Ballettdirektors der Wiener StaatsoperGerhard Brunner. Sie absolvierte eine Ausbildung zur Tänzerin an der Ballettschule der Wiener Staatsoper und trat in Ballettaufführungen der Wiener Staatsoper auf, so 1985/86 als Genius in Hommage à Fanny Elßler und 1988 als Spanierin in Die Puppenfee. Anschließend studierte sie an der Universität Wien Theaterwissenschaft, Deutsche Philologie, Philosophie und Wissenschaftstheorie und diplomierte 2004 mit der Arbeit Tanz ’82 bis ’96 – Die Wiener Internationalen Tanzfestivals im Rahmen der Wiener Festwochen. Nach freien Regieassistenzen am Schauspielhaus Graz und an den Vereinigten Bühnen Wien ging sie ab der Spielzeit 2001/02 als feste Regieassistentin ans Schauspiel Frankfurt. Sie assistierte unter anderem bei Stéphane Braunschweig, Armin Petras, Anselm Weber und Jan Bosse.
2014 schloss sie das Weiterbildungsprogramm Executive Master in Arts Administration an der Universität Zürich ab. 2006 gründete sie mit der Kunsthistorikerin und Kuratorin Fiona Liewehr „dreizehnterjanuar – Freie Theaterproduktionen“, eine Plattform für Theaterproduktionen in Wien, deren Künstlerische Leiterin sie bis heute ist.
Fanny Brunner arbeitet zusammen mit dem Bühnen- und Kostümbildner Daniel Angermayr, den Musikern und Komponisten Alex Konrad und Jan Preissler und der Schauspielerin Katrin Grumeth. Sie führte auch Regie bei Musikvideos, unter anderem für Ginga.
2010: Pompe Funèbre oder die Verabschiedung der Manieren (nach allen Regeln der Kunst) von Fanny Brunner und Hans-Jürgen Hauptmann, Garage X Theater Petersplatz
2011: Guter Morgen Marienthal. Ein Stück Arbeit von Fanny Brunner und Hans-Jürgen Hauptmann, basierend auf Die Arbeitslosen von Marienthal, Evonik Para-Chemie, Gramatneusiedl
2011: Working Class Zero von Fanny Brunner und Hans-Jürgen Hauptmann, Garage X Theater Petersplatz
2013: Wie tief geht es in mir abwärts und was wartet in der Dunkelheit auf mich? Vom Bösen von Fanny Brunner und Hans-Jürgen Hauptmann, Volkstheater Hundsturm
2013: Erschöpfungsgeschichte oder Wer hat den Tüchtigen das Glück gestohlen? von Fanny Brunner und Hans-Jürgen Hauptmann, Volkstheater Hundsturm
2014: Der große Marsch von Wolfram Lotz, Theater Ulm
2014: Das Projekt von Ulrike Syha, Garage X Theater Petersplatz