Karriere
Pfanne begann seine Laufbahn in der Jugend der FSV Budissa Bautzen, ehe er in die Nachwuchsabteilung von Dynamo Dresden wechselte. Dort erhielt er nach regelmäßigen Einsätzen für die Oberligamannschaft im Sommer 2013 einen Profivertrag. Sowohl Trainer Stefan Böger wie auch sein Nachfolger Peter Németh setzten den 19-Jährigen im Verlauf der beiden folgenden Spielzeiten aber nur je einmal kurz in der 3. Liga sowie im Sachsenpokal ein. Pfannes bis 30. Juni 2015 laufender Lizenzspielervertrag wurde in der Folge nicht mehr verlängert, woraufhin dieser zu seinem Jugendverein Budissa Bautzen zurückkehrte. Für den Regionalligisten absolvierte Pfanne in drei Saisons als variabel eingesetzter Defensivspieler 86 Pflichtspiele für den Verein. In der Saison 2017/18 war er als Nachfolger von Martin Kolan Spielführer seiner Mannschaft.
Zur Saison 2018/19 wechselte Pfanne ablösefrei zum SV Rödinghausen in die Regionalliga West. Mit den Rödinghausenern traf er in der ersten Runde des DFB-Pokals auf seinen alten Klub Dynamo Dresden, zu diesem Zeitpunkt Zweitligist. Nachdem Dresden besiegt werden konnte, scheiterten Spieler und Verein in der 2. Runde des Wettbewerbs mit 1:2 knapp an Bayern München. Dafür gewann Pfanne mit Rödinghausen nach einem Endspielerfolg über den SC Wiedenbrück den Westfalenpokal. In der folgenden Spielzeit blieb Pfanne auch in Rödinghausen Stammspieler im Defensivbereich, allerdings sorgte die COVID-19-Pandemie dafür, dass nicht alle Saisonspiele absolviert werden konnten. Nach Abrechnung mittels der Quotientenregelung wurde der SV Rödinghausen zum Meister und Teilnehmer an den Drittligaaufstiegsspielen bestimmt. Der Verein nahm dieses Recht aber aus Gründen der Nachhaltigkeit nicht wahr und beantragte dementsprechend keine Lizenz für die 3. Liga.
Anschließend wechselte der Defensivspieler innerhalb der Liga zur zweiten Mannschaft von Borussia Dortmund. Für diese kam er in allen Saisonspielen bis auf eins, das er infolge einer Gelbsperre verpasste, zum Einsatz. Mit nur einer Niederlage (ausgerechnet gegen Pfannes alten Verein Rödinghausen) wurde die U23 des BVB Meister und stieg direkt in die 3. Liga auf. Da Mannschaftskapitän Steffen Tigges verstärkt in der ersten Mannschaft eingesetzt werden sollte, wurde Pfanne im Sommer 2021 zu seinem Nachfolger benannt. Bis zum Sommer 2024 blieb Pfanne verletzungsfrei und war fester Bestandteil der Dortmunder U23, mit der er in der Spielzeit 2023/24 54 Punkte sammelte, was zuvor noch keiner zweiten Mannschaft der Borussia in der 3. Liga gelungen war.
Zur Saison 2024/25 wechselte der Defensivspieler, nachdem er erst im April 2024 seinen Vertrag in Dortmund bis 2026 verlängert hatte, zu Hansa Rostock, das zuvor aus der 2. Bundesliga abgestiegen war. Als Mannschaftskapitän der Kogge gab er im Ostseestadion unter Hansa-Trainer Bernd Hollerbach sein Startelfdebüt am 1. Spieltag der Spielserie gegen den VfB Stuttgart II. Nach dem 11. Spieltag fand er sich mit der Mannschaft nach nur 10 errungenen Punkten auf dem 15. Tabellenplatz und somit im Abstiegskampf wieder, was einen Trainerwechsel zur Folge hatte. Unter dem neuen Trainer Daniel Brinkmann stabilisierte sich die Mannschaft und Pfanne und das Team belegten am Ende den 5. Rang in der Tabelle. Zwar schied man in der 1. Hauptrunde im DFB-Pokal 2024/25 gegen den Zweitligisten Hertha BSC aus, holte am Ende der Saison aber den Mecklenburg-Vorpommern-Pokal. Dies bedeutete die Teilnahme am DFB-Pokal der kommenden Saison 2025/26, wo man auf den Bundeslisten TSG 1899 Hoffenheim traf und erneut in der ersten Hauptrunde ausschied. In der 3. Liga absolvierte Pfanne in Saison 2025/26 nur 24 – und nicht wie in der Vorsaison 35 – Spiele. Verantwortlich hierfür waren unter anderem Adduktoren-Probleme. Den Aufstieg in die 2. Fußball-Bundesliga wurde um nur 3 Punkte verpasst, wieder wurde man Fünfter, und erneut konnte der Landespokal – wieder im Finale gegen den SV Pastow – gewonnen werden.
Obwohl Hansa-Trainer Brinkmann Pfanne auch in seiner dritten Spielzeit beim FCH zum Mannschaftskapitän ernannte, verzichtete er an den ersten beiden Spieltagen der Drittliga-Saison 2026/27 auf dessen Dienste. Zwar stand er jeweils im Kader, zum Startelfdebüt der neuen Spielzeit kam er jedoch erst im DFB-Pokal 2026/27 gegen den Bundesligisten und Champions-League Teilnehmer VfB Stuttgart. Franz Pfanne scheiterte mit den Norddeutschen auch in diesem Jahr gegen einen höherklassigen Gegner in der 1. Hauptrunde.
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