Jordarchaeum

„Candidatus Jordarchaeum“ (GTDB: Jordiarchaeum) und „Candidatus Freyarchaeum“ sind Kandidaten-Gattungen der Asgard-Archaeen (Phylum Promethearchaeota bzw. Asgardarchaeota wie in der GTDB, monotypisch im Reich Promethearchaeati). „Candidatus Freyrarchaeum“ ist eine weitere Kandidaten-Gattung von Archaeen (Reich Promethearchaeati), die aber gemäß LPSN und NCBI-Taxonomie einem eigenen Phylum „Candidatus Freyrarchaeota“ (laut NCBI innerhalb des Reichs Promethearchaeati) zugeordnet wird.

Mit Stand 7. Januar 2026 gibt es vorschlagsgemäß nur jeweils eine Art in diesen Gattungen,

• „Ca. Jordarchaeum madagascariense“, [Schreibvariante „Ca. Jordarchaeum madagascarense“] mit Referenzstamm (MAG) EB_bin_7,
• „Ca. Freyarchaeum deiterrae“ mit Referenzstamm (MAG) SRVP19_Freyarchaeia-1
• „Ca. Freyrarchaeum guaymasense“ mit Referenzstamm (MAG) GB_128

Die Genome Taxonomy Database (GTDB) listet zu diesen Gattungen noch weitere Stämme (MAGs), wobei sie die Gattung „Ca. Freyarchaeum“ mit „Ca. Jordarchaeum“ (dort Jordiachaeum genannt) synonymisiert. Die Familie „Ca. Freyarchaeaceae“ (dort Freyrarchaeaceae genannt) verbleibt aber mit einer zusätzlichen Metagenomik-Gattung (provisorische Bezeichnung DTBI01). Mit einher geht eine abweichende Aufteilung der Stämme, Spezies und Gattungen auf die beiden Familien.

Die beide Familien enthaltenden höheren Taxa (Ordnung bis Klasse) sind in der GTDB synonymisiert. Als Phylum ist dort Asgardarchaeota angegeben (heute offiziell Promethearchaeota, monotypisch im Reich Promethearchaeati), d. h. übereinstimmend die Asgard-Archaeen.

Diese Tabelle berücksichtigt lediglich die Hauptgruppen, einzelne Spezies oder Stämme können anderweitig zugeordnet sein (s. u.).

Systematik

Die derzeit akzeptierte Taxonomie basiert auf der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) und dem National Center for Biotechnology Information (NCBI), ergänzt um Einträge aus der Genome Taxonomy Database (GTDB), Stand: 7. Januar 2026:

GTDB-Familie Jordiarchaeaceae (ersatzweise NCBI-Familie Jordarchaeaceae):

Gattung „Candidatus Jordarchaeum“ Sun et al. 2021^(L,N) [Jordiarchaeum^(G)]

• Spezies „Ca. Jordarchaeum madagascariense“ Sun et al. 2021^(L,N) [„Ca. Jordarchaeum madagascarense“ corrig. Sun et al. 2021^(N), Jordiarchaeum madagascariense^(G)]
  • Stamm EB_bin_7^(L,N,G) – Fundort: von versteinerten Knochen ausgestorbener Elefantenvögel, zw. Amparihinkisoa und Soanierana, Madagaskar. Genomlänge: 3,68 Mbp^(N)

Gattung „Candidatus Freyarchaeum“ Valentin-Alvarado et al. 2024^(L,N) [Jordiarchaeum^(G)]

• Spezies „Ca. Freyarchaeum deiterrae“ Valentin-Alvarado et al. 2024^(L,N) [Ca. Freyarchaeota archaeon SRVP19_Freyarchaeia-1^(N), Jordiarchaeum deiterrae^(G)]
  • Stamm SRVP19_Freyarchaeia-1^(N,G) – Fundort: aus Bodensedimenten in Kalifornien. Genomlänge: 3.58 Mbp^(N)

• Spezies Jordiarchaeum sp030587365^(G) [Ca. Freyarchaeota archaeon isolate SQRJ_82^(N), Ca. Freyarchaeota archaeon isolate SQRJ_26^(N), Ca. Jordarchaeaceae archaeon isolate DRTY-6_201808_bins_73^(N), Ca. Jordarchaeaceae archaeon isolate JZ-2_201705_bins_82^(N), Ca. Jordarchaeaceae archaeon isolate HHBFW-2_201803_bins_36^(N)]
  • Stämme SQRJ_26; SQRJ_82^(N,G) – Fundort: Metagenom von Thermalquellen im Kreis Tengchong, Yunnan, China
  • Stamm DRTY-6_201808_bins_73^(N,G)
  • Stamm JZ-2_201705_bins_82^(N,G)
  • Stamm HHBFW-2_201803_bins_36^(N,G)

• Spezies Jordiarchaeum sp018383815^(G) [Ca. Jordarchaeia archaeon isolate QZM_A2^(N), Ca. Jordarchaeia archaeon isolate QZM_A2_3^(N), Ca. Jordarchaeia archaeon isolate QZM_A3^(N)]
  • Stamm QZM_A2^(N,G) – Fundort: Metagenom aus Thermalquelle, Gemeinde Quchomo (alias Qǔzhuómù, QuZhuoMu) im Kreis Cona (Shannan) (alias CuoNa, Tshona), Tibet^(N)
  • Stamm QZM_A2_3^(N,G) alias QZMA23B3 – Fundort: ebenda^(N) (siehe Asgardviren)
  • Stamm QZM_A3^(N,G) – Fundort: ebenda^(N)

• Spezies Jordiarchaeum sp029856435^(G) [Ca. Jordarchaeia archaeon isolate RPF2^(N)]
  • Stamm RPF2^(N,G)

• Spezies Ca. Jordarchaeum sp. EBB7^(N) − nicht in der GTDB
  • Stamm EBB7^(N)

• Spezies Ca. Jordarchaeum sp. ERP4^(N) − nicht in der GTDB
  • Stamm ERP4^(N)

GTDB-Familie Freyrarchaeaceae:

Gattung „Candidatus Freyrarchaeum“ Xie et al. 2022^(L,N)

• Spezies „Ca. Freyrarchaeum guaymasense“ corrig. Xie et al. 2022^(N) [„Ca. Freyrarchaeum guaymasensis“ Xie et al. 2022^(N)]
  • Stamm GB_128 alias GB128 – Fundort: marines Metagenom vom Guaymas-Becken, Golf von Kalifornien^(N)

• Spezies Freyrarchaeum sp029258835^(G) [Ca. Jordarchaeia archaeon isolate B36_G16^(N), Thermoproteota archaeon isolate S9B3_HD70^(N)]
  • Stamm S9B3_HD70^(N,G) – Fundort: Metagenom von Hydrothermalem Schlot, Guaymas-Becken, Golf von Kalifornien^(N)
  • Stamm B36_G16^(N,G) – Fundort: Metagenom von marinem Sediment, Guaymas-Becken, Golf von Kalifornien^(N)

Gattung DTBI01^(G)

• Spezies DTBI01 sp019057715^(G) [Ca. Jordarchaeum sp. JNZ_1113^(N)]
  • Stamm JNZ_1113^(N,G)

• Spezies DTBI01 sp019057675^(G) [Ca. Jordarchaeum sp. LHC_1308^(N)]
  • Stamm LHC_1308^(N,G)

• Spezies DTBI01 …^(G)

• L – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ)
• N – Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI)
• G – Genome Taxonomy Database (GTDB)

In der GTDB hat die Gattung Jord(i)archaeum (Fam. Jord(i)archaeaceae) einige Mitglieder an die Gattung DTBI01 (Fam. Frey(r)archaeaceae) abgegeben, andererseits aber die Gattung Freyarchaeum (von dieser Familie) aufgenommen.

Das folgende Kladogramm gibt die Taxonomie in vereinfachter Form an:

Beschreibung

Aus dem Genom abgeleitete Rückschlüsse auf den Stoffwechsel (Metabolismus) lassen vermuten, dass beiden Klassen „Ca. Jordarchaeia“ und „Ca. Sifarchaeia“ hetero-organotrophe Acetogene (Säurebildner) darstellen, die auch die Fähigkeit besitzen, Methylgruppen wie methylierte Amine zu verwerten, wobei Acetat das wahrscheinliche Endprodukt in den in diesen Gruppen im Lauf ihrer Evolution verbliebenen Überresten des Kern-Stoffwechsele ihrer methanogene n Vorfahren ist. Sun et al. (2021) nahmen an, dass dieser abgeleitete Modus der Energieerhaltung durch Erweiterungen des genetischen Codes, d. h. durch die Umcodierung von Stoppcodons, verbessert wurde, wodurch die Einbindung der seltenen 21. und 22. Aminosäuren Selenocystein (Sec) bei „Ca. Jordarchaeia“ bzw. Pyrrolysin (Pyl) bei „Ca. Sifarchaeia“ ermöglicht wird. Sec-Recodierung wurde nicht nur in „Ca. Jordarchaeia“, sondern auch in anderen Klassen der Asgard-Archaeen gefunden, von denen angenommen wird, dass sie von erhöhten katalytischen Aktivitäten Sec-haltiger Enzyme profitieren.

Etymologie

Der neulateinische Gattungsname Jordi­ar­chae­um bzw. Jord­archae­um ist benannt nach der Göttin der Erde Jörd (oder Jord) der nordischen Mythologie, die am meist mit Liebe und Fruchtbarkeit in Verbindung gebracht wird; der Suffix stammt von altgriechisch ἀρχαῖος archaîos, deutsch ‚archaisch‘, latinisiert zu archaeum ‚Archaeon‘; der Name bezeichnet also das „Archaeon der Freya“.

Der ebenfalls neulat. Gattungsname Frey­archaeum ist benannt nach der nordische Göttin Freya; der Suffix ist wieder derselbe.

Im Gegensatz dazu verweist der neulat. Gattungsname Fre­yr­ar­chae­um auf den nordische Gott Freyr, der Gott des Friedens in der nordischen Mythologie.

• Der Artnamenszusatz ma­da­gas­ca­ri­en­se bzw. madagas­carense ist ein neulat. Adjektiv mit der Bedeutung ‚von Madagaskar‘ oder ‚zu Madagaskar gehörend‘.

• Der Artnamenszusatz de­i­ter­rae kommt von lateinisch dea ‚Göttin‘ (bzw. dem Genitiv von deus ‚Gott‘) und dem Genitiv von terra ‚Erde‘, meint also „der Göttin (des Gottes) der Erde“.

Anmerkungen

1. ↑ insbesondere gehört der Stamm SRVP19_Freyarchaeia-1 dort zur Spezies Jordiarchaeum deiterrae, zudem enthält die Spezies Jordiarchaeum sp030587365 Stämme, die nach NCBI der einen bzw. der anderen Klade zugeteilt werden

Einzelnachweise

1. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 LPSN: Genus "Candidatus Jordarchaeum" Sun et al. 2021.
2. 1 2 3 4 5 6 7 8 GTDB: Jordiarchaeum. Rohdaten: ar53_metadata.tsv.gz (Fallback).
3. 1 2 3 4 5 Luis E. Valentin-Alvarado, Kathryn E. Appler, Valerie De Anda, Marie C. Schoelmerich, Jacob West-Roberts, Veronika Kivenson, Alexander Crits-Christoph, Lynn Ly, Rohan Sachdeva, Chris Greening, David F. Savage, Brett J. Baker, Jillian F. Banfield: Asgard archaea modulate potential methanogenesis substrates in wetland soil. In: Nature Communications. 15. Jahrgang, Nr. 1, 31. Juli 2024, ISSN 2041-1723, S. 6384, doi:10.1038/s41467-024-49872-z, PMID 39085194, PMC 11291895 (freier Volltext) – (englisch). 
4. ↑ Hiroyuki Imachi, Masaru K. Nobu, Shingo Kato, Yoshihiro Takaki, Masayuki Miyazaki, Makoto Miyata, Miyuki Ogawara, Yumi Saito, Sanae Sakai, Yuhei O. Tahara, Yoshinori Takano, Eiji Tasumi, Katsuyuki Uematsu, Toshihiro Yoshimura, Takashi Itoh: ​Promethearchaeum syntrophicum gen. nov., sp. nov., an anaerobic, obligately syntrophic archaeon, the first isolate of the lineage ‘Asgard’ archaea, and proposal of the new archaeal phylum Promethearchaeota phyl. nov. and kingdom Promethearchaeati regn. nov. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Band 74, Nr. 7, 5. Juli 2024, ISSN 1466-5034, S. 006435; doi:10.1099/ijsem.0.006435, PMC 11316595 (freier Volltext), PMID 38967634 (englisch).
5. 1 2 3 4 5 6 7 8 LPSN: Genus "Candidatus Freyarchaeum" Valentin-Alvarado et al. 2024.
6. 1 2 3 4 5 6 NCBI: "Candidatus Jordarchaeum", Details: "Candidatus Jordarchaeum" Sun et al. 2021 (genus). Project: DXJA01 DXJA00000000.1 Candidatus Jordarchaeum madagascarense. Graphisch: Candidatus Jordarchaeum, auf Lifemap.
7. 1 2 3 4 5 6 7 NCBI: "Candidatus Freyarchaeum", Details: "Candidatus Freyarchaeum" Valentin-Alvarado et al. 2024 (genus). Graphisch: Candidatus Freyarchaeum, auf Lifemap.
8. 1 2 3 4 LPSN: Genus "Candidatus Freyrarchaeum" Xie et al. 2022.
9. 1 2 3 NCBI: "Candidatus Freyrarchaeum", Details: "Candidatus Freyrarchaeum" Xie et al. 2022 (genus). Graphisch: Candidatus Freyrarchaeum, auf Lifemap.
10. 1 2 3 Jiarui Sun, Paul N. Evans, Emma J. Gagen, Ben J. Woodcroft, Brian P. Hedlund, Tanja Woyke, Philip Hugenholtz, Christian Rinke: Recoding of stop codons expands the metabolic potential of two novel Asgardarchaeota lineages. In: ISME Communications, Band 1, Nr. 1, Dezember 2021, S. 30; doi:10.1038/s43705-021-00032-0, PMC 9723677 (freier Volltext), PMID 36739331, Epub: 28. Juni 2021 (englisch). Dazu:
    • Korrektur in: ISME Communications, Band 2, Nr. 1, Dezember 2022, S. 6; doi:10.1038/s43705-021-00048-6.
11. ↑ Amparihinkisoa, Tsiafahy, Kiangara, Ankazobe District, Analamanga Region, Madagascar. Auf: Mindat, Keswick, VA.
12. ↑ Soanierana. Auf: GeoNames.
13. 1 2 3 Luis E. Valentin-Alvarado, Ling-Dong Shi, Kathryn E. Appler, Alexander Crits-Christoph, Valerie De Anda, Benjamin A. Adler, Michael L. Cui, Lynn Ly, Pedro Leão, Richard J. Roberts, Rohan Sachdeva, Brett J. Baker, David F. Savage, Jillian F. Banfield: Complete genomes of Asgard archaea reveal diverse integrated and mobile genetic elements. In: Genome Research. 34. Jahrgang, Nr. 10, 27. August 2024, ISSN 1088-9051, S. 1595–1609, doi:10.1101/gr.279480.124, PMID 39406503, PMC 11529989 (freier Volltext) – (englisch).