Pius Eichlinger besuchte zwischen 1931 und 1936 die Volksschule Ingolstadt. Von 1936 bis 1943 war er Schüler am Humanistischen Gymnasium Ingolstadt. 1946 erhielt er das Abitur. Von 1943 bis 1945 war Pius Eichlinger im Kriegsdienst. Nach dem Zweiten Weltkrieg studierte er bis 1949 an der Hochschule der Bildenden Künste München, u. a. bei Karl Sittl. 1949 schloss er das Staatsexamen für das Kunstlehramt, 1950 das Staatsexamen für Kunstpädagogik und 1979 die Gesellenprüfung für das Keramikhandwerk ab. Ab den 1960er Jahren fuhr Eichlinger regelmäßig mit befreundeten Malern, wie Klaus W. Sporer in die Provence, bis er 1967 ein Steinhaus in Miramas le Vieux restaurierte und dieses zum zweiten Wohnsitz machte. Von 1995 bis zu seinem Tod lebte Eichlinger im Ingolstadter Stadtbezirk Oberhaunstadt.
Eichlinger schuf Vasen, Schalen, Landschaftsbilder, Keramiken, Betonreliefs und Brunnen. Pius Eichlinger prägte, neben Käte Krakow, Alois Schölß und Knut Schnurer lange Zeit als zentrale Figur die Ingolstädter Kunstszene.