Koordinaten: 57° 59′ N, 27° 29′ O
Puugnitsa ist ein Dorf (estnisch küla) im Südosten Estlands. Es gehört zur Landgemeinde Setomaa im Kreis Võru (bis 2017 Mikitamäe im Kreis Põlva).
Das Dorf hat fünf Einwohner (Stand 31. Dezember 2011). Westlich des Dorfkerns fließt der Fluss Mädajõgi.