El torneo se desarrolló plenamente bajo un formato de eliminación directa donde cada equipo enfrentaba a su rival de turno a partido único o en partidos de ida y vuelta. Si una serie finalizó empatada en el global, se definió por penales.
En la primera etapa, los representantes definidos de las 19 ligas regionales más el representante de la Copa Federación se enfrentaron en llaves a doble partido. Los ganadores avanzaron a la segunda etapa en la que se les sumaron los equipos participantes del Torneo Federal A, el Torneo Federal B y la Primera D.
En la fase final, a los equipos clasificados de la segunda etapa se les sumaron los equipos participantes de la Primera División y la Primera C. A partir de aquí, los 16 equipos clasificados disputaron una serie de eliminatorias (compuestas por octavos de final, cuartos de final, semifinales y final) hasta consagrar al campeón.
12Colón de Santa Fe y Unión de Santa Fe no llegaron a un acuerdo para definir las fechas de los partidos de cuartos de final. El Tribunal Disciplinario de la FSF descalificó a ambos equipos del torneo y les dio la serie por perdida. Unión de Sunchales avanzó automáticamente a la siguiente ronda.