Metaboloomika

Metaboloomika asetumine teiste oomikate konteksti. Tõlge inglise keelest: genome, genoom; transcriptome, transkriptoom; proteome, proteoom; metabolome, metaboloom; proteins, valgud; sugars, süsivesikud; nucleotides, nukleotiidid; amino acids, aminohapped; lipids, lipiidid; lipidome, lipidoom; metabolites, metaboliidid; phenotype, fenotüüp; function, molekuli roll organismis. Tegelikult osalevad ainevahetuses ning on metaboloomika uurimisobjektiks ka sünteetilisi ühendeid, mis pole skeemil näidatud.

Metaboloomika tähistab nii teadusharu, mis uurib elusorganismides esinevat ainevahetuse tulemusena tekkivat molekulide ehk metaboliitide kogumit (metaboloomi), kui ka uurimismeetodite kogumit, mis võimaldavad metaboloomi detailselt uurida. Metaboliidid moodustuvad seejuures elusrakkudele omase ensümaatilise aktiivsuse tagajärjel nii looduslikku päritolu ühenditest (näiteks glükoosi anaeroobsel lagundamisel tekib piimhape) kui ka sünteetilistest ühenditest, mis on organismi sattunud näiteks ravimitena või endokriinseid häireid põhjustavate kemikaalidena (nt ftalaatidest tekivad monoftalaadid). Metaboloomika võib uurimisstrateegiana keskenduda kas konkreetsele analüüdile / analüütide rühmale (nn suunatud metaboloomika, ingl k targeted metabolomics) või kasutada nn sõrmejäljel põhinevat lähenemist (ingl k untargeted metabolomics), kus eri proovide võrdlemisel tuvastatakse kindlate tunnustega proovidele iseloomulik metaboliitide kombinatsioon – seejuures ei pruugi olla vajalik iga üksiku metaboliidi täpse keemilise struktuuri tuvastamine. Metaboloomika kui teadusharu eesmärk on uurida võimalikult suure arvu metaboliitide koosesinemist ja dünaamikat kindlas bioloogilises kontekstis – näiteks võrreldes tervele koele ja patoloogilise seisundiga koele iseloomulikke tunnuseid.

Näide metaboloomika töövoost, mis võib kombineerida ka erinevaid mõõtmismeetodeid. Esimese sammuna toimub metaboliidid ekstraktsioon bioloogilisest uurimisobjektist (blood – veri, urine – uriin, tissue – tahked koeproovid, fecal – fekaalid, CSF – tserebrospinaalvedelik). Teise sammuna teostatakse proovi ettevalmistus ja mõõtmised NMR ja massispektromeetria abiga (ionization – ioniseerimine, separation by mass – lahutamine massi ja laengu suhte alusel, detection and readout – tuvastamine ja suhtelise hulga määramine). Lõpuks toimub tulemuste statistiline analüüs, mille eesmärgiks võib olla näiteks uudsete biomarkerite avastamine (pathway analysis – signaaliradade analüüs, millest tuvastatud huvipakkuvad analüüdid osa võtavad, PCA – peakomponentide analüüs, heatmap – värvikoodi kasutav komponentide esindatuse võrdlus).

Metaboloomika asetub oomika-teadusharude (ingl k omics) hulka koos genoomika (keskendub DNA järjestustele ja variatsioonidele), transkriptoomika (keskendub eri tüüpi RNA molekulidele) ja proteoomikaga (keskendub valkude kogumile koos translatsioonijärgsete modifikatsioonidega). Kui genoom, transkriptoom ja proteoom kajastavad geneetiliselt kodeeritud informatsiooni avaldumist geenide tasandist valkudeni, siis metaboloom peegeldab info avaldumise tagajärjel ja keskkonnamõjude tulemusena saavutatud ainevahetuse seisundit kindlas lokatsioonis (rakus, koes, organis) kindlal ajal.

Mõõtmismeetodid ja analüütide liigitus

Metaboloomikas kasutatakse mitmeid analüütilisi tehnikaid, mille abil saab tuvastada metaboliitide keemilisi struktuure ja/või määrata metaboliitide sisaldust bioloogilistes proovides. Enamasti valitakse konkreetne uurimismeetod vastavalt metaboliitide rühmale, mida soovitakse tuvastada, ning ka metaboliidi hulgale uuritavas proovis:

Näide metaboolsest rajast: glükoosi muundamine püruvaadiks glükolüüsi jooksul. Igat reaktsiooni (funktsionaalrühma muutumine tähistatud punase kastina) katalüüsib eraldi ensüüm. Põhimõtteliselt on metaboloomika abil võimalik tuvastada igat individuaalset metaboliiti, kuid mõningate ainete vähese stabiilsuse tõttu ei ole see praktikas ratsionaalne.

Kui klassikaline metaboloomika uurib sadade kuni tuhandete metaboliitide tasemeid korraga, siis on olemas ka spetsiifilisemad uurimismeetodid, mis keskenduvad metaboolse fenotüübi funktsionaalsuse mõõtmisele. Selliseid meetodeid võib käsitleda metaboloomika osana, kuid need ei kuulu kitsas tähenduses metaboloomika alla. Näiteks on kogunud populaarsust firma Seahorse Bioscience 2006. aastal arendatud nn Seahorse meetod, mis võimaldab mõõta reaalajas mikrotiiterplaadi formaadis rakkude hapnikutarbimist (ingl k oxygen consumption rate ehk OCR) ja rakuvälise keskkonna hapestumise kiirust (ingl k extracellular acidification rate ehk ECAR). Seeläbi saab Seahorse meetodi abil hinnata mitokondriaalset hingamist (korreleerub oksüdatiivse fosforüülimise aktiivsusega) või piimhappe moodustumist (näitab rakkude glükolüütilist aktiivsust).

Metaboloomika keskendub eeskätt orgaanilistele ainetele, kuid uuritavates proovides leidub ka anorgaanilisi aineid (nt naatriumi, kaaliumi ja kaltsiumi soolad, eeskätt fosfaadid). Need võivad segada proovi orgaaniliste metaboliitide analüüsi, kuid võivad samas anda ka väärtuslikku infot bioloogilise süsteemi seisundi kohta. Näiteks korreleeruvad muutused metalliioonide hulgas või võimes moodustada kompleksühendeid orgaaniliste ainetega mitmete ainevahetusprotsesside aktiivsusega:

Samuti osalevad ainevahetuses muud anorgaanilised ioonid, sealhulgas:

Anorgaaniliste ühendite kvantitatiivseks määramiseks kasutatakse proovist ja konkreetsemast eesmärgist olenevalt kombinatsioone ioonvahetuskromatograafial, aatomabsorptsioonil ja -emissioonil ning kolorimeetrial põhinevatest meetoditest, samuti induktiivsidestatud plasma massispektromeetriat (ingl k inductively coupled plasma mass spectrometry, ICP-MS) ja röntgenfluorestsentsi (ingl k X-ray fluorescence, XRF). Bioloogilistes süsteemides leiduvate metallide uuringuid eristatakse sageli omaette valdkonnana, mis kuulub metaboloomika alla. Nn metalloomika (ingl k metallomics) ehk metallo-metaboloomika keskendub seejuures nii elusorganismidele omaste metallide ja metallipõhiste kompleksühendite (nt metalloproteiinide) tuvastamisele kui ka metalle sisaldavate ravimite (nt plaatinapõhised vähivastased ravimid) metabolismile elusorganismides.

Andmebaasid

Metaboloomikat kasutatakse ka toksikoloogiliste uuringute läbiviimisel. Pildil on näidatud proovide metaboloomi määramine NMR abiga USA Toidu- ja Ravimiametis 2008. aastal.

Metaboloomikaga tegelevad teadlased toetuvad spetsiaalsetele andmebaasidele, mis aitavad tuvastada, kvantifitseerida ja interpreteerida metaboliitidele vastavaid signaale. Need andmebaasid sisaldavad näiteks järgmist teavet:

The Human Metabolome Database (HMDB)

D-glükoosist lähtuv antibiootikumi streptomütsiini biosüntees Streptomyces bakterites esitatuna KEGG rajana. Lillad kastid kujutavad ensüüme (nummerdus vastab ensüümiklasside nomenklatuurile).

HMDB on avaliku ligipääsuga elektrooniline andmebaas, mis keskendub inimkehas leiduvatele väikese molekulmassiga metaboliitidele. Lisaks füsiko-keemilistele parameetritele (nt oktanooli-vee jaotuskoeffitsient) ja bioloogilistele andmetele (nt ensüümid, mis ainet metaboliseerivad, või transporterid, mis vastutavad aine transpordi eest rakku) sisaldab see ka kliinilist infot, näiteks metaboliidi kontsentratsiooni uriinis. 2025. aasta juuli seisuga on andmebaasis info kokku 220945 metaboliidi kohta ning 8610 valgu kohta, mis metaboliitidega vastastikmõjusid loovad. Mitmed andmeväljad viitavad ka teistele avalikele andmebaasidele nagu DrugBank, UniProt või KEGG.

Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)

KEGG on avaliku ligipääsuga andmebaaside kollektsioon, mis põimib mitmete oomikate andmeid erinevate elusorganismide ja ka viiruste kohta. KEGG eesmärgiks on leida süstematiseeritud seosed suurtes andmemassiivides, et teadlane saaks koondada tuvastatud metaboliitide nimekirja ühiseks ainevahetusrajaks (või mitmeks erinevaks ainevahetusrajaks) ning seda visualiseerida. 2025. aasta juuli seisuga sisaldab KEGG infot kokku 19508 metaboliidi kohta, mis on paigutatud kokku 580 erineva ainevahetusraja koosseisu.

Varamud METLIN ja MetaboLights

Repositooriumid METLIN ja MetaboLights võimaldavad teadlastel pääseda ligi varasemate uuringute tõlgendatud andmetele ning samas laadida üles oma uuringute tulemused (näiteks enne publitseerimist). METLIN loodi USA teadusasutuse The Scripps Research Institute poolt 2005. aastal ning repositoorium keskendub konkreetsemalt massispektromeetrilistele andmetele, sisaldades tõlgendatud infot enam kui 240000 erineva ühendi kohta. MetaboLights loodi Euroopa Molekulaarbioloogia Laboratooriumi Bioinformaatika Instituudi (EBI-EMBL) poolt 2012. aastal ning repositoorium on üldisema eesmärgiga, võimaldades üles laadida eri tüüpi toorandmeid ja nendega seotud metaandmeid. Tõlgendatud sissekannete põhjal on 2025. aasta juuli seisuga MetaboLights repositooriumis võimalik teha otsing 2989 erinevas liigis leiduva 33253 metaboliidi kohta.

Metaboloomikaga seotud eetilised aspektid

Võrreldes teiste oomikate kaudu saadud andmemassiividega, võimaldavad metaboloomika tundlikumad meetodid tuvastada kehavedelike analüüsil lisaks geneetilistele eelsoodumustele või realiseerunud terviseriskidele ka elustiili ja käitumismustritega seotud parameetreid. Näiteks saab metaboloomika andmete põhjal teha kindlaks ravimite manustamist, ravimite võtmata jätmist või hoopis uimastite tarbimist. Kuigi see info võib osutuda kliiniliselt relevantseks või vajalikuks kohtuekspertiisi seisukohalt, tekitab see eetilisi probleeme isikute privaatsuse ja ootamatu leidude konfidentsiaalsena hoidmise seisukohalt. Seetõttu on metaboloomika kasutamisel teaduslikes uuringutes viimasel aastakümnel pööratud eriti teravalt tähelepanu isikuandmete pseudonüümimise ja anonümiseerimise meetmetele, isikuandmete juurdepääsetavuse piiramisele ning ka patsientide informeeritud nõusoleku üksikasjalikkusele.

Sotsiaalsest aspektist eriti tundlike metaboloomika-alaste uuringute puhul on eetikaloa väljastamisel mõnikord mindud vastuolusse ka uuringu andmete jagamise (FAIR) printsiipidega, kaitsmaks uuringus osalejate privaatsust. Samas on sellist lähenemist teaduskirjanduses ka kritiseeritud, apelleerides asjaolule, et erinevalt genoomi uuringutest, ei ole metaboloomi põhjal patsiendi isiku ühene identifitseerimine põhimõtteliselt võimalik.

Metaboloomika-alased uuringud Eestis

Eestis olid metaboloomika-alaste uuringusuuna rajajaiks TÜ meditsiinilise biokeemi professor Mihkel Zilmer ja TÜ meditsiinilise metaboloomika professor Ursel Soomets, kelle eestvedamisel sai Tartu Ülikoolis loodud metaboloomika tuumiklabor (2025. aasta juuli seisuga juhib seda meditsiinilise metaboloomika kaasprofessor Kalle Kilk). Nende arvukates publikatsioonides on metaboloomikat kasutatud näiteks uurimaks ainevahetuslike muutuste rolli neuropsühhiaatrilistes haigustes (koostöös inimese füsioloogia professori Eero Vasaraga), südame-veresoonkonnahaigustes (koostöös vasoloogia professori Jaak Kalsiga) või nahahaigustes (koostöös dermatoloogia ja veneroloogia professori Külli Kingoga). Samuti on teostatud toksikoloogia-alaseid uuringuid rakkuminevate peptiidide toime iseloomustamiseks (koostöös Stockholmi Ülikooli neurokeemia ja molekulaarse neurobioloogia professori Ülo Langeliga) ning veterinaaria-alaseid uuringuid veise embrüote pesastumise edukuse ennustamiseks (koostöös Eesti Maaülikooli veterinaarmeditsiini ja loomakasvatuse instituudi professori Ülle Jaakmaga).

Metaboloomika-alaseid uuringuid on teostatud ka Eesti geenivaramu doonorite proovidega.

Vaata ka

Viited

  1. ↑ "Otsing - metaboloomika". sonaveeb.ee. Vaadatud 27. juunil 2025.
  2. ↑ EMBL-EBI. "What is metabolomics? | Metabolomics" (inglise). Vaadatud 27. juunil 2025.
  3. 1 2 Patti, Gary J.; Yanes, Oscar; Siuzdak, Gary (2012). "Metabolomics: the apogee of the omics trilogy". Nature Reviews Molecular Cell Biology (inglise). 13 (4): 263–269. DOI:10.1038/nrm3314. ISSN 1471-0080.
  4. ↑ Clish, Clary B. (2015). "Metabolomics: an emerging but powerful tool for precision medicine". Cold Spring Harbor Molecular Case Studies. 1 (1): a000588. DOI:10.1101/mcs.a000588. ISSN 2373-2873. PMC 4850886. PMID 27148576.
  5. ↑ Johnson, Caroline H.; Ivanisevic, Julijana; Siuzdak, Gary (2016). "Metabolomics: beyond biomarkers and towards mechanisms". Nature Reviews Molecular Cell Biology (inglise). 17 (7): 451–459. DOI:10.1038/nrm.2016.25. ISSN 1471-0080.
  6. ↑ Fiehn, Oliver (1. aprill 2016). "Metabolomics by Gas Chromatography-Mass Spectrometry: Combined Targeted and Untargeted Profiling". Current Protocols in Molecular Biology. 114: 30.4.1–30.4.32. DOI:10.1002/0471142727.mb3004s114. ISSN 1934-3647. PMC 4829120. PMID 27038389.
  7. ↑ Han, Jun; Gagnon, Susannah; Eckle, Tobias; Borchers, Christoph H. (2013). "Metabolomic analysis of key central carbon metabolism carboxylic acids as their 3-nitrophenylhydrazones by UPLC/ESI-MS". Electrophoresis. 34 (19): 2891–2900. DOI:10.1002/elps.201200601. ISSN 1522-2683. PMC 4033578. PMID 23580203.
  8. ↑ Zhu, Mengle; Lamont, Lieke; Maas, Pascal; Harms, Amy C.; Beekman, Marian; Slagboom, P. Eline; Dubbelman, Anne-Charlotte; Hankemeier, Thomas (11. jaanuar 2025). "Matrix effect evaluation using multi-component post-column infusion in untargeted hydrophilic interaction liquid chromatography-mass spectrometry plasma metabolomics". Journal of Chromatography A. 1740: 465580. DOI:10.1016/j.chroma.2024.465580. ISSN 0021-9673.
  9. ↑ Mal, Tapas K.; Tian, Yuan; Patterson, Andrew D. (2021). "Sample Preparation and Data Analysis for NMR-Based Metabolomics". Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2194: 301–313. DOI:10.1007/978-1-0716-0849-4_16. ISSN 1940-6029. PMID 32926373.
  10. ↑ Emwas, Abdul-Hamid; Zacharias, Helena U.; Alborghetti, Marcos Rodrigo; Gowda, G. A. Nagana; Raftery, Daniel; McKay, Ryan T.; Chang, Chung-ke; Saccenti, Edoardo; Gronwald, Wolfram; Schuchardt, Sven; Leiminger, Roland; Merzaban, Jasmeen; Madhoun, Nour Y.; Iqbal, Mazhar; Alsiary, Rawiah A. (10. mai 2025). "Recommendations for sample selection, collection and preparation for NMR-based metabolomics studies of blood". Metabolomics (inglise). 21 (3): 66. DOI:10.1007/s11306-025-02259-7. ISSN 1573-3890. PMC 12065766. PMID 40348843. {{ajakirjaviide}}: kontrolli parameetri |pmc= väärtust (juhend)
  11. ↑ Yoo, Inhwan; Ahn, Ihyeon; Lee, Jihyeon; Lee, Namgyu (1. august 2024). "Extracellular flux assay (Seahorse assay): Diverse applications in metabolic research across biological disciplines". Molecules and Cells. 47 (8): 100095. DOI:10.1016/j.mocell.2024.100095. ISSN 1016-8478.
  12. ↑ Liu, Jingjing; Jing, Wanghui; Wang, Tianyu; Hu, Zhe; Lu, Haitao (1. jaanuar 2023). "Functional metabolomics revealed the dual-activation of cAMP-AMP axis is a novel therapeutic target of pancreatic cancer". Pharmacological Research. 187: 106554. DOI:10.1016/j.phrs.2022.106554. ISSN 1043-6618.
  13. ↑ Rakusanova, Stanislava; Cajka, Tomas (1. november 2024). "Tips and tricks for LC–MS-based metabolomics and lipidomics analysis". TrAC Trends in Analytical Chemistry. 180: 117940. DOI:10.1016/j.trac.2024.117940. ISSN 0165-9936.
  14. ↑ Kleczkowski, Leszek A.; Igamberdiev, Abir U. (1. jaanuar 2023). "Magnesium and cell energetics: At the junction of metabolism of adenylate and non-adenylate nucleotides". Journal of Plant Physiology. 280: 153901. DOI:10.1016/j.jplph.2022.153901. ISSN 0176-1617.
  15. ↑ Auld, D. S.; Bergman, T. (2008). "Medium- and short-chain dehydrogenase/reductase gene and protein families : The role of zinc for alcohol dehydrogenase structure and function". Cellular and molecular life sciences: CMLS. 65 (24): 3961–3970. DOI:10.1007/s00018-008-8593-1. ISSN 1420-9071. PMC 11131767. PMID 19011745.
  16. ↑ Read, Austin D.; Bentley, Rachel ET.; Archer, Stephen L.; Dunham-Snary, Kimberly J. (1. november 2021). "Mitochondrial iron–sulfur clusters: Structure, function, and an emerging role in vascular biology". Redox Biology. 47: 102164. DOI:10.1016/j.redox.2021.102164. ISSN 2213-2317.
  17. ↑ Shaker, Joseph L.; Deftos, Leonard (2000), Feingold, Kenneth R.; Ahmed, S. Faisal; Anawalt, Bradley; Blackman, Marc R. (toim-d), "Calcium and Phosphate Homeostasis", Endotext, South Dartmouth (MA): MDText.com, Inc., PMID 25905252, vaadatud 7. juulil 2025
  18. ↑ Wagner, Carsten A. (31. jaanuar 2024). "The basics of phosphate metabolism". Nephrology, Dialysis, Transplantation: Official Publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association. 39 (2): 190–201. DOI:10.1093/ndt/gfad188. ISSN 1460-2385. PMC 10828206. PMID 37660247.
  19. ↑ Goretti Penido, Maria; Alon, Uri S. (2012). "Phosphate homeostasis and its role in bone health". Pediatric Nephrology (Berlin, Germany). 27 (11): 2039–2048. DOI:10.1007/s00467-012-2175-z. ISSN 1432-198X. PMC 3461213. PMID 22552885.
  20. ↑ Tommasi, Immacolata C. (1. juuli 2021). "The Mechanism of Rubisco Catalyzed Carboxylation Reaction: Chemical Aspects Involving Acid-Base Chemistry and Functioning of the Molecular Machine". Catalysts (inglise). 11 (7): 813. DOI:10.3390/catal11070813. ISSN 2073-4344.
  21. ↑ Hao, Zhenyu; Jin, Da-Yun; Stafford, Darrel W.; Tie, Jian-Ke (2020). "Vitamin K-dependent carboxylation of coagulation factors: insights from a cell-based functional study". Haematologica. 105 (8): 2164–2173. DOI:10.3324/haematol.2019.229047. ISSN 1592-8721. PMC 7395276. PMID 31624106.
  22. ↑ Mohiuddin, Shamim S.; Khattar, Divya (2025), "Biochemistry, Ammonia", StatPearls, Treasure Island (FL): StatPearls Publishing, PMID 31082083, vaadatud 7. juulil 2025
  23. ↑ Mori, Masanobu; Iwata, Tomotaka; Satori, Tatsuya; Ohira, Shin-Ichi; Itabashi, Hideyuki; Tanaka, Kazuhiko (12. detsember 2008). "Ion-exclusion/cation-exchange chromatographic determination of common inorganic ions in human saliva by using an eluent containing zwitterionic surfactant". Journal of Chromatography A. 1213 (2): 125–129. DOI:10.1016/j.chroma.2008.08.001. ISSN 0021-9673.
  24. ↑ Ferrão, Ana Rita; Pestana, Paula; Borges, Lígia; Palmeira-de-Oliveira, Rita; Palmeira-de-Oliveira, Ana; Martinez-de-Oliveira, José (14. august 2024). "Quantification of Ions in Human Urine-A Review for Clinical Laboratories". Biomedicines. 12 (8): 1848. DOI:10.3390/biomedicines12081848. ISSN 2227-9059. PMC 11351741. PMID 39200312.
  25. ↑ Adesina, Kolawole E.; Burgos, Chandler J.; Grier, Thomas R.; Sayam, Abu S. M.; Specht, Aaron J. (27. jaanuar 2025). "Ways to Measure Metals: From ICP-MS to XRF". Current Environmental Health Reports. 12 (1): 7. DOI:10.1007/s40572-025-00473-y. ISSN 2196-5412. PMC 11913532. PMID 39865194. {{ajakirjaviide}}: kontrolli parameetri |pmc= väärtust (juhend)
  26. ↑ Maret, Wolfgang (2018). "Metallomics: The Science of Biometals and Biometalloids". Advances in Experimental Medicine and Biology. 1055: 1–20. DOI:10.1007/978-3-319-90143-5_1. ISSN 0065-2598. PMID 29884959.
  27. ↑ Ge, Ruiguang; Sun, Xuesong; He, Qing-Yu (2011). "Overview of the metallometabolomic methodology for metal-based drug metabolism". Current Drug Metabolism. 12 (3): 287–299. DOI:10.2174/138920011795101813. ISSN 1875-5453. PMID 21395533.
  28. ↑ Witting, Michael (2023). "(Re-)use and (re-)analysis of publicly available metabolomics data". PROTEOMICS (inglise). 23 (23–24): 2300032. DOI:10.1002/pmic.202300032. ISSN 1615-9861.
  29. ↑ Haug, Kenneth; Salek, Reza M.; Steinbeck, Christoph (2017). "Global open data management in metabolomics". Current Opinion in Chemical Biology. 36: 58–63. DOI:10.1016/j.cbpa.2016.12.024. ISSN 1879-0402. PMC 5344029. PMID 28092796.
  30. ↑ "Human Metabolome Database". hmdb.ca. Vaadatud 7. juulil 2025.
  31. ↑ "DrugBank Online | Database for Drug and Drug Target Info". go.drugbank.com (inglise). Vaadatud 7. juulil 2025.
  32. ↑ "UniProt". UniProt (inglise). Vaadatud 7. juulil 2025.
  33. ↑ "KEGG - Current Statistics". www.kegg.jp. Vaadatud 7. juulil 2025.
  34. ↑ "METLIN Classic User Login". metlin.scripps.edu. Vaadatud 7. juulil 2025.
  35. ↑ Levin, Nadine; Salek, Reza M.; Steinbeck, Christoph (1. jaanuar 2016), Holmes, Elaine; Nicholson, Jeremy K.; Darzi, Ara W.; Lindon, John C. (toim-d), "Chapter 11 - From Databases to Big Data", Metabolic Phenotyping in Personalized and Public Healthcare, Boston: Academic Press, lk 317–331, ISBN 978-0-12-800344-2, vaadatud 7. juulil 2025
  36. ↑ "MetaboLights - Metabolomics experiments and derived information". www.ebi.ac.uk. Vaadatud 7. juulil 2025.
  37. ↑ EMBL-EBI. "What is MetaboLights | MetaboLights" (inglise). Vaadatud 7. juulil 2025.
  38. ↑ Burghardt, Kyle J.; Evans, Simon J.; Wiese, Kristen M.; Ellingrod, Vicki L. (2015). "An Untargeted Metabolomics Analysis of Antipsychotic Use in Bipolar Disorder". Clinical and Translational Science (inglise). 8 (5): 432–440. DOI:10.1111/cts.12324. ISSN 1752-8062. PMC 4626284. PMID 26314700.
  39. ↑ Keen, Bethany; Cawley, Adam; Reedy, Brian; Fu, Shanlin (2022). "Metabolomics in clinical and forensic toxicology, sports anti-doping and veterinary residues". Drug Testing and Analysis (inglise). 14 (5): 794–807. DOI:10.1002/dta.3245. ISSN 1942-7611. PMC 9544538. PMID 35194967.
  40. ↑ Nielsen, Kirstine L.; Telving, Rasmus; Andreasen, Mette F.; Hasselstrøm, Jørgen B.; Johannsen, Mogens (5. veebruar 2016). "A Metabolomics Study of Retrospective Forensic Data from Whole Blood Samples of Humans Exposed to 3,4-Methylenedioxymethamphetamine: A New Approach for Identifying Drug Metabolites and Changes in Metabolism Related to Drug Consumption". Journal of Proteome Research. 15 (2): 619–627. DOI:10.1021/acs.jproteome.5b01023. ISSN 1535-3893.
  41. ↑ Lewis, Cecil M.; McCall, Laura-Isobel; Sharp, Richard R.; Spicer, Paul G. (2020). "Ethical priority of the most actionable system of biomolecules: the metabolome". American Journal of Physical Anthropology. 171 (2): 177–181. DOI:10.1002/ajpa.23943. ISSN 1096-8644. PMC 7003909. PMID 31643083.
  42. ↑ Wilson, Ian D.; Theodoridis, Georgios; Virgiliou, Christina (1. veebruar 2021). "A perspective on the standards describing mass spectrometry-based metabolic phenotyping (metabolomics/metabonomics) studies in publications". Journal of Chromatography B. 1164: 122515. DOI:10.1016/j.jchromb.2020.122515. ISSN 1570-0232.
  43. ↑ Long, Nguyen Phuoc; Nghi, Tran Diem; Kang, Yun Pyo; Anh, Nguyen Hoang; Kim, Hyung Min; Park, Sang Ki; Kwon, Sung Won (29. jaanuar 2020). "Toward a Standardized Strategy of Clinical Metabolomics for the Advancement of Precision Medicine". Metabolites (inglise). 10 (2): 51. DOI:10.3390/metabo10020051. ISSN 2218-1989. PMC 7074059. PMID 32013105.
  44. ↑ Kurkinen, Karoliina; Kärkkäinen, Olli; Lehto, Soili M.; Luoma, Ilona; Kraav, Siiri-Liisi; Kivimäki, Petri; Therman, Sebastian; Tolmunen, Tommi (7. november 2024). "An exploratory study of metabolomics in endogenous and cannabis-use-associated psychotic-like experiences in adolescence". Translational Psychiatry (inglise). 14 (1): 1–9. DOI:10.1038/s41398-024-03163-9. ISSN 2158-3188.
  45. ↑ Spicer, Rachel A.; Steinbeck, Christoph (2018). "A lost opportunity for science: journals promote data sharing in metabolomics but do not enforce it". Metabolomics: Official Journal of the Metabolomic Society. 14 (1): 16. DOI:10.1007/s11306-017-1309-5. ISSN 1573-3882. PMC 5808091. PMID 29479297.
  46. ↑ ERR, Priit Ennet | (17. veebruar 2023). "Mihkel Zilmer: olen üritanud teha teisi tuntumaks". ERR. Vaadatud 7. juulil 2025.
  47. ↑ ERR (26. oktoober 2010). "Kuidas küttida metaboloomi?". ERR. Vaadatud 7. juulil 2025.
  48. ↑ "Metaboloomika tuumiklabor | Tartu Ülikool". biomeditsiin.ut.ee. 17. november 2021. Vaadatud 7. juulil 2025.
  49. ↑ Parksepp, Madis; Haring, Liina; Kilk, Kalle; Koch, Kadri; Uppin, Kärt; Kangro, Raul; Zilmer, Mihkel; Vasar, Eero (24. jaanuar 2022). "The Expanded Endocannabinoid System Contributes to Metabolic and Body Mass Shifts in First-Episode Schizophrenia: A 5-Year Follow-Up Study". Biomedicines. 10 (2): 243. DOI:10.3390/biomedicines10020243. ISSN 2227-9059. PMC 8869544. PMID 35203453.
  50. ↑ Parksepp, Madis; Leppik, Liisa; Koch, Kadri; Uppin, Kärt; Kangro, Raul; Haring, Liina; Vasar, Eero; Zilmer, Mihkel (19. august 2020). "Metabolomics approach revealed robust changes in amino acid and biogenic amine signatures in patients with schizophrenia in the early course of the disease". Scientific Reports. 10 (1): 13983. DOI:10.1038/s41598-020-71014-w. ISSN 2045-2322. PMC 7438522. PMID 32814830.
  51. ↑ Eerik, Kadri; Kasepalu, Teele; Kuusik, Karl; Eha, Jaan; Vähi, Mare; Kilk, Kalle; Zilmer, Mihkel; Kals, Jaak (16. september 2022). "Effects of RIPC on the Metabolome in Patients Undergoing Vascular Surgery: A Randomized Controlled Trial". Biomolecules. 12 (9): 1312. DOI:10.3390/biom12091312. ISSN 2218-273X. PMC 9496371. PMID 36139151.
  52. ↑ Lieberg, Jüri; Wanhainen, Anders; Ottas, Aigar; Vähi, Mare; Zilmer, Mihkel; Soomets, Ursel; Björck, Martin; Kals, Jaak (22. august 2021). "Metabolomic Profile of Abdominal Aortic Aneurysm". Metabolites. 11 (8): 555. DOI:10.3390/metabo11080555. ISSN 2218-1989. PMC 8401627. PMID 34436496.
  53. ↑ Ilves, Liis; Ottas, Aigar; Kaldvee, Bret; Abram, Kristi; Soomets, Ursel; Zilmer, Mihkel; Jaks, Viljar; Kingo, Külli (27. oktoober 2022). "Metabolomic Differences between the Skin and Blood Sera of Atopic Dermatitis and Psoriasis". International Journal of Molecular Sciences. 23 (21): 13001. DOI:10.3390/ijms232113001. ISSN 1422-0067. PMC 9658722. PMID 36361789.
  54. ↑ Kilk, Kalle; Mahlapuu, Riina; Soomets, Ursel; Langel, Ulo (30. november 2009). "Analysis of in vitro toxicity of five cell-penetrating peptides by metabolic profiling". Toxicology. 265 (3): 87–95. DOI:10.1016/j.tox.2009.09.016. ISSN 1879-3185. PMID 19799958.
  55. ↑ Tsopp, Elina; Kilk, Kalle; Taalberg, Egon; Pärn, Pille; Viljaste-Seera, Anni; Kavak, Ants; Jaakma, Ülle (26. jaanuar 2024). "Associations of the Single Bovine Embryo Growth Media Metabolome with Successful Pregnancy". Metabolites. 14 (2): 89. DOI:10.3390/metabo14020089. ISSN 2218-1989. PMC 10890179. PMID 38392981.
  56. ↑ Jaagura, Madis; Kronberg, Jaanika; Reigo, Anu; Aasmets, Oliver; Nikopensius, Tiit; Võsa, Urmo; Bomba, Lorenzo; Estrada, Karol; Wuster, Arthur; Esko, Tõnu; Org, Elin (22. oktoober 2024). "Comorbidities confound metabolomics studies of human disease". Scientific Reports (inglise). 14 (1): 24810. DOI:10.1038/s41598-024-75556-1. ISSN 2045-2322.
  57. ↑ Hiie, Liis; Kolde, Anastassia; Pervjakova, Natalia; Reigo, Anu; Abner, Erik; Võsa, Urmo; Milani, Lili; Esko, Tõnu; Fischer, Krista; Palta, Priit; Kronberg, Jaanika (12. märts 2025). "Pathway level metabolomics analysis identifies carbon metabolism as a key factor of incident hypertension in the Estonian Biobank". Scientific Reports (inglise). 15 (1): 8470. DOI:10.1038/s41598-025-92840-w. ISSN 2045-2322.