Nikolai Vatter (17. märts 1900 Uue-Põltsamaa vald, Viljandimaa – 11. jaanuar 1989 Põltsamaa) oli eesti agronoom.
Vatter võttis osa Vabadussõjast. Ta lõpetas 1921. aastal Põltsamaa Gümnaasiumi ja 1926. aastal Tartu Ülikooli agronoomina. Ta oli Eesti Üliõpilaste Seltsi liige.
Ta töötas aastatel 1924–1927 Viljandimaa maa-agronoomi ja taimekasvatuse instruktorina, 1927–1940 maavalitsuse liikme ja abiesimehena ning 1940–1941 peaagronoomina. Oli alates 1932. aastast talupidaja Pärsti vallas.
Ta küüditati koos perega 1941. aastal Tšaja rajooni Novosibirski oblastisse (praegu Tomski oblast). Naasis 1957. aastal (teistel andmetel 1960. aastal) Eestisse ja töötas aastatel 1960–1964 Põltsamaa rajoonis agronoomina.
Tema vend oli kirikuõpetaja Albert Vatter.