Vaiksoo on projekteerinud ehitisi mitmel pool Eestis, valdavalt siiski Tallinnas ja Rakveres. Tema projektide järgi on restaureeritud kirikuid ja mõisaid, ehitatud eramuid, büroohooneid ja etendusasutusi (mitu Rakvere teatri maja, Rakvere kino, Linnateatri Hobuveski saal, Kuressaare Linnateater jt). Vaiksoo on kujundanud ka Eesti esindushooneid, näiteks Riigikogu esindusruumid Toompeal Komandandimajas (2008/2009) ja Eesti Esinduse Euroopa Liidus Brüsselis (2003/2004).
Kaugeim Vaiksoo projekti järgi ehitatud hoone on Gjumri (tollal Leninakani) peaväljaku äärne kultuurikeskus Armeenias, mis sai kannatada maavärinas 8. detsembril 1988. Ehkki projekt valmis juba 1989. aastal, lõppes hoonestu taastamine alles 1997.
2008. aastal tunnistati Vaiksoo puiteramu Loobu lähedal Eesti parimaks puitehitiseks. Tema hooned on korduvalt kandideerinud Eesti Kultuurkapitali arhitektuuripreemiale, Eesti parima eramu ja puitehitise auhinnale, mitmele sisekujundusauhinnale jne; tema Villa Aigro Keila-Joal pälvis Eesti presidendi peapreemia "Eesti kodu 2010". Mitu Vaiksoo projekteeritud ehitist on osalenud Veneetsia biennaalil.
2011. aastal ilmus Vaiksoo mahuka ja infograafikarohke ajalooatlas "Aja lugu". Raamat käsitleb Eesti ajalugu paralleelselt Euroopa ja maailma ajalooga kuni 1204. aastani.
"101 Eesti monumenti" (sari "101 Eesti..."). Tallinn: Varrak, 2018
Arhitektuuriprojekte
Eramu Pirital 2010 – Kalamehe tee 10, Tallinn
Rakvere kino 2009 – Vabriku tn 4, Rakvere, Lääne-Virumaa
Sepo Seemani stuudio 2009/2010 – Eametsa, Pärnumaa
Rakvere Teatri tööhoone 2009/2010 – Kreutzwaldi 2, Rakvere, Lääne-Virumaa (konkursi "Rakvere linna parim restaureeritud hoone 2010" nominent)
Riigikogu esindusruumid Toompeal 2008/2009 – Komandandimaja, Toompea 1, Tallinn (konkursi "Tallinna Vanalinna ühiskondliku hoone restaureerimine 2009" peapreemia, Eesti Kultuurkapitali restaureerimise aastapreemia 2010 nominent)
Villa Rocca al Mares 2008/2010 – Loigu 3, Rocca al Mare, Tallinn (2010. aasta Veneetsia biennaalile välja valitud ja näitusel maketiga osalenud hoone, konkursi "Eesti parim puitehitis 2010" nominent ja Eesti Kultuurkapitali arhitektuuri aastapreemia 2010 nominent)
Rakvere Teatri väike maja 2007/2008 – Kreutzwaldi 2A, Rakvere, Lääne-Virumaa (Rakvere linna "Aasta Tegija 2008" arhitektuuripreemia)
Restoran Chameleon 2007/2008 – Kauba 2, Kuressaare, Saaremaa
Rakvere Rahvamaja 2006/2008 – Kreutzwaldi 2A, Rakvere, Lääne-Virumaa
Villa Marko Matvere 2006/2007 – Nurmenuku 7, Mähe, Tallinn (konkursi "Eesti parim puitehitis 2007" eripreemia, "Eesti parim eramu 2006–2007" nominent)
Mõisahoone rekonstrueerimine esinduselamuks 2005/2006 – Koordi mõis, Järvamaa
Rakvere Teater 2003/2005 – Kreutzwaldi 2, Rakvere ("Virumaa parim ehitis 2005" peapreemia, Rakvere "Aasta Tegija 2008" peapreemia. Eesti Kultuurkapitali arhitektuuripreemia 2006 nominent, ära märgitud)
Eesti Esindus Euroopa Liidus 2003/2004 – Brüssel, Rue Guimard 11/13
Nõelasilma taasülesehitus 1991/2007 – Niguliste kirik, Harju tänav, Tallinn
Paide kõlakoda Vallimäel 1989/1991 – Vallimägi, Paide linn, Järvamaa
Leninakani (Gjumri) kultuurikeskus Armeenias 1989/1997 – Gjumri (Leninakan), Armeenia
Märt Mikkovi villa Hiiul 1986/1991 – Torni 7, Nõmme, Harjumaa
Tunnustus
2010 – Eesti Kultuurkapitali arhitektuuri sihtkapitali aastapreemia (arhitektuuripreemia – Villa Rocca al Mares – harukordse konstruktsioonieheduse ning detailitäpsusega elamu, kus loodus ja arhitektuur on keerulisse, ent harmoonilisse suhtesse seatud)
2012 – Harjumaa Aasta Teo auhind (Artur Talvikule ja Raul Vaiksoole aktsiooni "Sajandi 100 võttepaika" läbiviimise eest)
Tema vanem vend on Rain Vaiksoo. Tema tütar esimesest abielust on laulja ja muusikalinäitleja Nele-Liis Vaiksoo. Tema poeg teisest abielust on lavastaja ja koreograaf Raul Markus Vaiksoo. Tema poeg on ka arhitekt Kristo Vaiksoo.
Raul Vaiksoo valdas eesti, vene, inglise ja saksa keelt.
↑"Arhiivikoopia". Originaali arhiivikoopia seisuga 5. aprill 2015. Vaadatud 31. jaanuaril 2012.{{netiviide}}: CS1 hooldus: arhiivikoopia kasutusel pealkirjana (link)