Eija Pelkonen (s. 1961) on suomalainen virkamies, koulutukseltaan proviisori. Hän toimi Fimeassa lääkealan toimijoiden valvontaprosessin johtajana syyskuuhun 2018, jonka jälkeen hän aloitti Fimean ylijohtajana viiden vuoden määräaikaisessa virassa.
Pelkonen toimi Fimean lääkealan toimijoiden valvontaprosessin johtajana vuodesta 2009 vuoteen 2018. Sitä ennen hän on toiminut muun muassa Lääkelaitoksessa päällikkönä ja asiantuntijana ja sosiaali- ja terveysministeriössä asiantuntijana.