Aaltola väitteli Turun yliopistosta filosofian oppiaineesta vuonna 2006, ja hänen väitöskirjansa käsitteli eläinten moraalista arvoa. Hän on eläin- ja ympäristöetiikan dosentti ja vanhempi tutkija Turun yliopistossa. Aiemmin Aaltola on toiminut yliopistolehtorina ja yliopistotutkijana Itä-Suomen yliopistossa sekä tutkijana ja opettajana Lancasterin yliopistossa ja Manchester Metropolitan -yliopistossa.
Aaltolan tutkimus keskittyy eläimiä ja luontoa koskevaan filosofiaan. Hän on julkaissut 12 kirjaa ja noin 50 kansainvälistä artikkelia.
Tutkijan työn lisäksi Aaltola on osallistunut aktiivisesti eläinten oikeuksia käsittelevään yhteiskunnalliseen keskusteluun. Aaltolaa haastatellaan usein eläimiin liittyvissä kysymyksissä.
Aaltola oli sitoutumattomana ehdokkaana Varsinais-Suomessa Vihreiden listalla ehdolla eduskuntaan vuoden 2023 eduskuntavaaleissa. Vaaliteemoina hänellä oli turvallisempi tulevaisuus erityisesti eläimille ja luonnolle. Aaltola sai 4749 ääntä, tuli listansa toiseksi ja on varakansanedustaja. Animalia myönsi vuonna 2021 Aaltolalle elämäntyöpalkinnon hänen työstään ei-ihmislajisten eläinten puolesta. Vuonna 2022 hänet palkittiin Vuoden Maailmanparantaja -palkinnolla. Aaltola on saanut myös eläinsuojelun Topelius -palkinnon.
Aaltola perusti alkuvuodesta 2024 Eläinoikeusakatemian, joka kokoaa yhteen tunnettuja eläinoikeuksien puolustajia tieteen, taiteen ja viestinnän alueilta. Hän alkaa johtaa kyseistä akatemiaa ja luopuu tieteellisestä urastaan yliopistossa.