Goitrogeenit ovat flavonoideja, goitriineja tai tiosyanaatteja, jotka heikentävät kilpirauhashormonien muodostumista suurina määrinä nautittuna. Osa flavonoideista muuntuu goitrogeenisiksi yhdisteiksi suolistobakteerien toimesta.
Goitrogeenit saattavat vähentää kilpirauhasta stimuloivan hormonin määrää, estää kilpirauhashormonin synteesille välttämättömän jodin pääsyä kilpirauhaseen ja häiritä tyroidiperoksidaasientsyymin toimintaa. Goitrogeenien aiheuttama riski koskee etenkin kilpirauhaspotilaita.
Goitrogeenejä esiintyy parsakaalissa, keräkaalissa, kukkakaalissa, lehtikaalissa, pinaatissa, lantussa, persikassa, päärynässä, mansikoissa, soijassa ja soijavalmisteissa, voipavussa, maississa, maapähkinöissä ja pellavansiemenissä. Kypsentäminen vähentää goitrogeenien aktiviisuutta.
Goitrogeenien kilpirauhasen toimintaa häiritsevä vaikutus keksittiin vuonna 1928, kun tutkijat huomasivat, että paljon kaalia syöneet kanit sairastuivat usein struuman.