Karboksipeptidaasi on entsyymi, joka käsittelee polypeptideita pilkkomalla aminohappoja irti peptidiketjun vapaan karboksyylihapon puoleisesta päästä (vrt. aminopeptidaasi, joka pilkkoo aminopäästä R-NH2). Lopulta alkuperäinen proteiini on hydrolysoitu aminohapposeokseksi, joka absorboituu ohutsuolessa, siirtyy vereen ja kuljetetaan sinne missä aminohappoja tarvitaan. Karboksipedtidaasi erittäytyy inaktiivisena tsymogeenina, prokarboksipeptidaasina. Tämä suojaa erittäviä soluja.
