Mega Man X
X:n tarina alkaa kohtauksella, jossa salaperäinen hahmo varoittaa Repliforcen Kenraalia Reploidien ja Maverick Huntreiden tuhoavansa Repliforcet. Kenraali ei kuitenkaan usko hahmon varoituksia vaan tämä aikoo olla lojaali Reploidille ja Huntereille. Hetken päästä Repliforcen hahmot ovat tehneet hyökkäyksen Sky Lagoon kaupunkiin ja tuhoaneet sen melkein asuinkelvottomaksi. Repliforcea syytetään hyökkäyksestä, vaikka kyseessä olikin lavastettu hyökkäys. Repliforcet päättävät rikkoa Reploidien ja Maverick Huntereiden välisen rauhan ja julistavat soda. Kenraali ilmoittaa puheessaan, että Repliforcesta tulee koko maailman ainoa ja hallitseva armeija. X:lle selviää, että entinen Maverick Hunter Magma Dragoon oli Sky Lagoon hyökkäyksen takana. X tuhoaa Magma Dragoonin, joka viimeisellä voimilla ehtii paljastaa että hänet värvättiin luomaan hyökkäys. Hetken päästä Repliforcet käynnistävät viimeisen operaation salaisenaseen aktivoinnin ja täten tuhota maapallon siviilisaatio, Replidoit sen mukana. X:n lähtiessään salaiseen aseeseen, Double joka esiintyi kömpelönä ja pulleana Maverick Huntereiden alokkaana, paljastuukin vakoojaksi ja yrittää tuhota X:n. X tuhoaa Doubelin kaksintaistelussa. Ennen tuhoamista, Double sanoo kuinka X:n liiallinen luottamus ja ystävyys voi aiheuttaa monen tuhon. X kohtaa Kenraalin kaksintaistelussa ja voittaa tämän, aiheuttaen mittavat vahingot. Salainen ase joutuu kuitenkin jonkun haltuunsa ja X:lle selviää, että Sigma on ollut koko sodan takana. Sigma häviää kaksintaistelun X:ää vastaa. Kenraali uhraa itsensä tuhoamalla aseen, joka on lähellä syöksyä maahan. Tarinan lopussa X keskustelee Zeron kanssa ja pyytää tältä, jos tämä joskus muuttuisi Maverickiksi, Zeron tulisi epäröimättä tuhota tämä. Zero ei anna täyttä suostumusta pyyntönsä ja käskee X:n kotiin.
Zero
Zeron tarina alkaa kohtauksella, jossa Zero näkee painajais-unta hahmosta, joka on Tohtori Wily. Wily käskee Zeron tuhota tämän arkkivihollisen, joka todennäköisesti on Mega Man. Zero herää painajaisesta ja hän saa komennuksen Sky Lagooniin, johon on tehty hyökkäys. Zero pelastaa raunioiden seassa Repliforcen Everstin siskon Iriksen. Zero syyttää Everstiä hyökkäyksestä, tosin Zero tietämättään kyseessä oli lavastettu hyökkäys. Zero kohtaa Everstin välianimaatiossa, jossa tämä vaatii joukkojen vetämistä pois. Eversti ei suostu tähän ja kaksikon välillä syntyy taistelu, jonka Iris keskeyttää. Iris muistuttaa Everstiä, että Zero pelasti tämän ja hänen pitäisi osoittaa kiitollisuutta. Eversti lopettaa taistelun, kuitenkin kertoen ettei ole yhtä armollinen. Zero vaatii taas Repliforcen pysäyttämistä. Repliforcet aloittavat salaisen aseen käynnistämistä ja Zero kohtaa Everstin viimeisessä taistelussa. Eversti häviää taistelun ja tuhoutuu. Surun ja vihanmurtamana, Iris hyökkää Zeron kimppuun tämän taistelu haarniskalla. Zero tuhoaa Iriksen haarniskan, mutta tämä aiheutti Irikselle kuolettavat vammat ja ennen kuolemaa Iris esitti Zerolle toiveen, jossa tämä voisi elää tämän kanssa kahdestaan maailmassa, jossa vain Reploidit ovat olemassa. Iris menehtyy ja surun murtamana, Zero miettii minkä puolesta edes taistelee. Hetken päästä Zero kohtaa Sigman. Sigma sanoo Zerolle, että tämä halusi omasta tahdosta tuhota Iriksen ja muistuttaa Zeroa siitä, kuinka tämä rakasti tappamista. Pelaajalle näytetään kohtaus, jossa Sigma oli ennen muuttumista ollut Maverick Huntreiden johtaja. Sigma taisteli Zeroa vastaan, joka oli löytäessään mielipuolinen ja tuhosi miltein kaiken vastaan tulevan. Sigma oli vähällä tuhoutua Zeron toimesta, kunnes Zeron kypärässä oleva timantti hehkui ja teki Zerosta puolustuskyvyttömän. Sigma iski Zeroa suoraan timanttiin ja tämän seurauksena Zero menetti tajunsa ja todennäköisesti tämä isku muutti Zeron kiltimmäksi ja Virus levisi Sigmaan. Zero tuhoaa Sigman kaksintaistelussa. Lopussa Zero toteaa, ettei voi pelastaa ketään.
