
Miguel Lillo (27. heinäkuuta 1862 San Miguel de Tucumán – 4. toukokuuta 1931 San Miguel de Tucumán) oli argentiinalainen kasvitieteilijä ja lintutieteilijä.
Lillo opiskeli Colegio Nacional Tucumánissa. Hän ei suorittanut akateemista tutkintoa vaan oli itseoppinut tiedemies. Nuoresta alkaen hän oli kiinnostunut luonnosta ja julkaisi kirjoituksen Tucumánin provinssin kasvillisuudesta 1888. Vuonna 1905 hän julkaisi teoksen Fauna Tucumana, Aves.
1914 Universidad Nacional de La Plata myönsi hänelle kunniatohtorin (Doctor Honoris Causa) arvonimen. 1930 Lillo lahjoitti perintötilastaan palan maata, kirjastonsa sekä kasvi- ja eläinkokoelmansa Universidad Nacional de Tucumánille. Hänen nimellään perustettu säätiö Fundación Miguel Lillo toimii tällä samalla paikalla ja pitää yllä museota, jossa on muun muassa 590 000 kasvinäytteen kokoelma.
Lillo kuvaili ja nimesi useita lintulajeja, muun muassa tummatöyhtötinamin (Eudromia formosa).