Varhainen elämä
Khamenei syntyi Mašhadissa vuonna 1969. Šaahi Mohammad Reza Pahlavin alulle panema valkoinen vallankumous oli johtanut uskonnollisten johtajien valta-aseman sivuuttamiseen, minkä johdosta Khamenein perheessä kannatettiin monarkian lakkauttamista. Ennen vuoden 1979 vallankumousta Khamenein perhe joutui SAVAK:in ahdistelemaksi useaan otteeseen, ja Mojtaba on kertonut nähneen salaisen poliisin piesseen isänsä yhden pidätyksen yhteydessä. Mojtaban isä Ali Khamenei nousi tätä kautta merkittävään asemaan vuoden 1979 vallankumouksessa.
Ollessaan 17-vuotias Khamenei taisteli Irakin–Iranin sodassa osana ns. 27. Mohammad Rasulullahin divisioonaa. Divisioona tunnettiin erityisen ideologisena ja siihen kuului antisemitistisiä ja radikaali-islamilaisia taistelijoita.
Vuonna 1999 Khamenei aloitti opintonsa Qomin šiialaisessa seminaarissa, jossa häntä opettivat hänen isänsä sekä äärikonservatiivinen Mohammad Taqi Mesbah-Yazdi. Mesbah-Yazdi antoi vuonna 2002 fatwan, jonka mukaan mm. avioliiton ulkopuolisiin suhteisiin osallistuvien iranilaisnuorten tappaminen on oikein.
Ura
Opintojensa jälkeen Khamenei alkoi opettaa Qomin seminaarissa. Hänen on kuitenkin uskottu olevan merkittävä toimija joskin kulissien takaa.
Vuosituhannen vaihteessa Khameneilla oli jo hyvät kontaktit Iranin uskonnolliseen johtoon ja vallankumouskaartiin. Lisäksi hän osallistui hengellisen johtajan viraston toimintaan. Mojtabasta alettiin uutisoida laajemmin vasta vuonna 2005, kun Mahmud Ahmadinežad valittiin presidentiksi. Khameneita syytettiin kulissien takaa vehkeilystä, jolla suurelle yleisölle tuntemattoman Ahmadinežadin mahdollisuuksia tulla valituksi parannettiin. Ahmadinežadin vastaehdokas Mehdi Karroubi julkaisi syytöksensä avoimessa kirjeessä. Khamenein ja Ahmadinežadin välit kuitenkin kylmenivät ja vuonna 2012 Ahmadinežad syytti Khameneita valtion rahojen kavaltamisesta.
Khamenein väitettiin vuoden 2009 vaalien jälkeisissä mielenosoituksissa ottaneen puolisotilaalliset Basij-joukot komentoonsa ja tukahduttaneen mielenosoitukset.
Hengellinen johtaja
Khameneista oli jo jonkin aikaa povattu isänsä seuraajaa. Toinen mahdollinen ehokas oli presidentti Ebrahim Raisi. Raisin kuoltua helikopterionnettomuudessa toukokuussa 2024 Khameneita tuli todennäköisin seuraava hengellinen johtaja.
Vuonna 2009 väkijoukko huusi toivovansa Mojtaban kuolemaa, jottei hän koskaan nousisi isänsä seuraajaksi. Pojan nimittäminen isänsä seuraajaksi olisi kuitenkin kiusallista, koska islamistivallankumouksen piti lopettaa perinnöllinen valta Iranissa.
Ali Khamenei kuoli helmikuussa 2026 Yhdysvaltain ja Israelin yhteisissä iskuissa, minkä johdosta hengellisen johtajan paikka jäi tyhjäksi. Mojtaban nimi esiintyi potentiaalisten seuraajien listalla, joskin hänen mahdolliseen valintaansa suhtauduttiin varovaisen epäilevästi. Muita potentiaalisia ehdokkaita olivat muun muassa Hassan Khomeini, Alireza Arafi ja Mahdi Mirbagheri.
Iranilaismediat kertoivat 8. maaliskuuta, että Mojtaba on valittu uudeksi hengelliseksi johtajaksi. Israelin asevoimat ilmoittivat samana päivänä, että Mojtaba on heidän tappolistallaan.
Khameinia on luonnehdittu kovan linjan fundamentalistiksi, jolla on hyvät suhteet Iranin uskonoppineiden ääripäähän.
