Muhammad VI syntyi Rabatissa, hänen isänsä oli kuningas Hassan II. Muhammadin äiti Lalla Latifa Hammou oli berberipäällikön tytär. Muhammadin ensimmäinen virallinen työtehtävä oli edustaa isäänsä Hassan II:sta 6. huhtikuuta 1974 järjestetyssä Ranskan entisen presidentin Georges Pompidoun muistotilaisuudessa. Perheeseen kuuluu neljä muuta sisarusta, joista Muhammad on toiseksi vanhin. Kolmen sisaren (Meryem, Asma ja Hasna) lisäksi hänellä on myös yksi veli Mulay Rašid.
Muhammad on suorittanut opintonsa sekä arabiaksi että ranskaksi Rabatissa sijaitsevassa Kuninkaallisessa koulussa, joka perustettiin vuonna 1942 vastaamaan Marokon kuningasperheen lasten perus- ja toisen asteen opetuksesta. Hän opiskeli lakia Mohammed V:n yliopistossa suorittaen kandidaatin tutkinnon vuonna 1985. Kolme vuotta myöhemmin hän valmistui maisteriksi pääaineenaan julkisoikeus. Kuningas Hassan II päätti lähettää poikansa marraskuussa 1988 harjoittelemaan Euroopan komissioon, missä hän vietti muutaman kuukauden komission puheenjohtajan Jacques Delorsin johdolla. Muhammed väitteli tohtoriksi Nizzan yliopistossa vuonna 1993. Hänen väitöskirjansa käsitteli Maghreb-maiden ja EEC:n välisiä suhteita.
Kuninkaana
Isänsä kuoltua 23. heinäkuuta 1999 Muhammed VI:sta tuli Marokon uusi kuningas. Hänet kruunattiin virallisesti 30. heinäkuuta 1999. Tässä yhteydessä hän johti perjantairukouksen ja piti ensimmäisen puheen valtaistuimelta.
Kuninkaana Muhammad VI tunnetaan uudistajana, joka on vienyt Marokkoa kohti perustuslaillista monarkiaa. Tultuaan valtaan hän aloitti Marokossa sosiaalisia ja taloudellisia uudistuksia sekä aloitti tutkimukset isänsä Hassan II:n valtakaudella tapahtuneista ihmisoikeusrikkomuksista. Muhammad on itse sanonut pitävänsä köyhyyden vastaista taistelua tärkeimpänä asiana ja maan köyhempien alueiden tilanne onkin parantunut, mutta köyhyys on silti yleistä ja työttömyyttä on yhä paljon. Marokon talouden avautuminen on houkutellut maahan myös ulkomaisia sijoittajia.
Eräs tärkeimmistä uudistuksista lienee Mudawana-laki, joka on antanut naisille enemmän oikeuksia. Konservatiiviset ryhmät ja fundamentalistit ovat arvostelleet lakia, vaikka Muhammad on sanonut sen noudattavan Koraania.
Vuonna 2013 kuningas armahti 48 Marokossa tuomioitaan istuvaa espanjalaista, joiden joukossa oli Daniel Galván. Hän oltiin alkujaan tuomittu 30 vuodeksi vankilaan 11 lapsen raiskauksesta. Mielenosoittajien painostuksesta Muhammad perui armahduksen ja Marokon viranomaiset antoivat Galvánista kansainvälisen pidätysmääräyksen. Espanjan poliisi pidätti hänet hän on sittemmin jatkanut tuomionsa suorittamista Espanjassa.
Koronapandemian alussa Muhammad oli poikkeuksellisen näkyvässä roolissa valtiovallan toiminnassa pandemiaa vastaan. Maan hallitus oli sen sijaan viivytteli alussa, mikä nostatti kuninkaan kansansuosiota.
Arabikevät ja uusi perustuslaki
Vuoden 2010 lopulla arabimaissa alkaneet mielenosoitukset levisivät myös Marokkoon. Helmikuun 2011 mielenosoitusten jälkeen maaliskuussa kuningas piti puheen televisiossa, jossa hän ilmoitti haluavansa uudistaa maan perustuslakia. Muhammadin esittämien uudistusten tavoitteena olisi itsenäisempi oikeuslaitos ja parlamentarismin vahvistaminen.
Muita tuossa yhteydessä tehtäviä uudisstuksia olivat muun muassa seuraavat:
vakioidun tamazightin nostaminen maan toiseksi viralliseksi kieleksi arabian rinnalle
kuninkaan persoona on jatkossa "loukkaamaton" eikä "pyhä"
pääministerin on edustettava sitä puoluetta, joka sai viimeisimmissä vaaleissa eniten paikkoja parlamenttiin
naisille taataan tasavertaiset poliittisten oikeuksien lisäksi myös yhteiskunnalliset oikeudet
Länsi-Sahara
Vuonna 2022 Muhammad määritteli YK:lle pitämässään puheessa, että Länsi-Saharan kysymyksen ratkaiseminen on Marokon ulkopolitiikan perusta. Hän on pyrkinyt siihen, että ulkomaat hyväksyisivät Marokon suvereniteetin Länsis-Saharassa. Kuningas on hyödyntänyt Marokon suuria fosfaattivarantoja houkuttimina voittaakseen ulkovaltoja puolelleen. Fosfaattien lisäksi Marokko on tarjonnut toisille Afrikan valtioille myös maatalousteknologiaa ja alan koulutusta lisäkannustimena. Muhammadin johdolla Marokko teki vuonna 2017 paluun Afrikan unioniin, josta se oli eronnut 30 vuotta aikaisemmin protestina sille, että unioni tunnusti Saharan demokraattisen arabitasavallan omaksi valtiokseen. Marokko normalisoi diplomaattisuhteensa Israelin kanssa vuonna 2020 osana Donald Trumpin ensimmäisen kauden aikana aloitettuja Abraham-sopimuksia. Vastineeksi tästä Marokko pääsi käsiksi sekä yhdysvaltalaisiin että israelilaisiin aseisiin, joita on tarkoitus käyttää sekä Länsi-Saharan valvontaan että kirimään etäisyyttä Algeriaan.
Vuodesta 2019 lähtien monet kiistassa Marokon kannalla olevat maat ovat avanneet diplomaattisia edustajistoja länsisaharalaisiin kaupunkeihin kuten Laayouneen ja Dakhlaan.
Kun YK:n turvallisuusneuvosto 31. lokakuuta 2025 hyväksyin päätöslauselman 2797, Muhammed julisti päivän Marokon kansallisen yhtenäisyyden päiväksi ja kansalliseksi juhlapäiväksi.
Perhe- ja yksityiselämä
Muhammad meni naimisiin tietokoneinsinööri Salma Bennanin kanssa vuonna 2002. Heillä on kaksi lasta: kruununprinssi Moulay Hassan syntyi vuonna 2003 ja prinsessa Lalla Khadija vuonna 2007. Hovin asianajaja on sittemmin vahvistanut, joskin epävirallisesti, Muhammadin ja Salman eroneen.
Muhammad osaa sujuvasti arabiaa, ranskaa, espanjaa ja englantia. Kuninkaan mielenkiinnonkohteiksi on kerrottu taide ja kirjallisuus.
Kunnianosoituksia
Marokkolaiset
Kuninkaana Muhammad on seuraavien marokkolaisten ritarikuntien suurmestari: