Luonnontieteisiin kuuluu hypoteesien muodostaminen. Hypoteesit ovat aina falsifioitavissa eli kokeelliset tiedot voivat osoittaa hypoteesin vääräksi. Nollahypoteesi vastaa tavallisesti tyypillistä, odotettavissa olevaa tulosta; esimerkiksi ettei kahden mitatun ilmiön välillä ole yhteyttä tai että tietty hoito on tehotonta. Termin esitti ensimmäisenä englantilainen geneetikko ja tilastotieteilijä Ronald Fisher.
Tyypillisesti nollahypoteesin yhteydessä käytetään toista, vaihtoehtoista hypoteesia, jossa oletetaan yhteys ilmiöiden välillä. Jerzy Neyman ja Egon Pearson ovat formalisoineet vaihtoehtohypoteesin käsitteen. Sen ei tarvitse olla nollahypoteesin looginen negaatio, mutta se ennustaa kokeen tuloksen, jos vaihtoehtohypoteesi on paikkansapitävä.
On tärkeää ymmärtää, että nollahypoteesia ei voida koskaan todistaa. Kokeellisen datan perusteella nollahypoteesi voidaan vain falsifioida tai jättää falsifioimatta. Jos esimerkiksi kahden ryhmän (esimerkiksi hoitoa saaneiden ja hoitamattomien) vertailu ei paljasta tilastollisesti merkitsevää eroa ryhmien välillä, eroa saattaa silti todellisuudessa olla. Tällaisessa tilanteessa voidaan ainoastaan sanoa, ettei aineisto tarjoa evidenssiä nollahypoteesin hylkäämiselle.
Tilastollinen testaus etenee seuraavasti:
Nollahypoteesin hylkäämiseen voi liittyä kahdenlaisia virheitä:
Tilastollista testiä suunniteltaessa tyypin I virheen todennäköisyys kiinnitetään (eli valitaan riskitaso) ja tyypin II virhe pyritään minimoimaan.
Tutkijoilla on usein taipumus jättää julkaisematta tutkimuksia, joissa nollahypoteesi jää voimaan. Yleensä tämä tilanne syntyy, kun lopputulos ei eroa jo aikaisemmin otaksutusta.