Prefekti (lat.praefectus) oli viranhaltija Rooman valtakunnassa. Aluksi prefekteillä oli vain sotilastehtäviä. Esimerkiksi Rooman liittolaisten auxilia-joukkoja johti yleensä prefekti. Keisariajalla ainoastaan keisari sai nimittää prefektit ja tähän aikaan alettiin myös nimittää prefektejä siviilivirkoihin.
Keisariajalla pretoriaanikaartin prefektistä (praefectus praetorio) tuli tärkeä henkilö, koska kaarti saattoi päättää, kenestä tuli keisari. Prefektit olivat myös vastuussa keisarille prefektuurien hallinnosta sen jälkeen, kun Rooman valtakunta oli Konstantinus Suuren aikana jaettu neljään prefektuuraan (Oriens, Illyricum, Italia, Gallia).
Myöhempinä aikoina prefektillä on tarkoitettu monien erityyppisten tehtävien haltijoita.