Alveolata

Classification WoRMS
Règne	Chromista
Sous-règne	Harosa

Les Alveolata (groupe des Alvéolés), ou Alvéolobiontes, sont un infra-règne d'organismes eucaryotes unicellulaires de formes assez diverses. La monophylie du groupe est basée sur l'étude de l'ARN ribosomique 18S. Il existe aussi une synapomorphie : la présence de vésicules sous-membranaires, les alvéoles (d'où ce taxon tire son nom), largement distribuées et pouvant servir de réservoir calcique, ou contenir un matériel dense comme les plaques thécales des dinophytes. Les plus anciens fossiles d'alvéolobiontes connus sont des dinophytes du Silurien, datés d'environ 420 millions d'années (Ma).

Caractéristiques

La caractéristique commune la plus notable est la présence d'alvéoles (sacs) corticales (près de la surface). Ce sont des vésicules (sacs) aplaties disposées en une couche juste sous la membrane et la soutenant, contribuant généralement à une pellicule flexible (peau fine). Dans les dinophytes blindés, ils peuvent contenir des plaques rigides. Les alvéolés ont des mitochondries avec des crêtes tubulaires (invaginations) et les cellules ont souvent des intrusions semblables à des pores à travers la surface cellulaire. Le groupe contient des organismes libres et parasites, des flagellés prédateurs et des organismes photosynthétiques.

Classification

Article détaillé : Chromalveolata (classification phylogénétique).

Sous-groupes

Le groupe des Alveolata rassemble :

Les ciliés, avec plus de 7 000 espèces, comme la paramécie ou le stentor.
Les dinophytes, organismes unicellulaires autotrophes par endosymbiose d'une algue verte.
Les apicomplexes, des protistes parasites responsables de maladies comme le paludisme chez les animaux plus complexes. Ils sont dépourvus d'appareil locomoteur.

N.B. Les foraminifères qui y avaient été incorporées par certains auteurs sont maintenant rattachées aux Rhizaria.

Alveolata Cavalier-Smith 1991 [Alveolatobiontes]

Embranchement Ciliophora Doflein 1901 stat. n. Copeland 1956 [Ciliata Perty 1852; Infusoria Bütschli 1887; Ciliae, Ciliozoa, Cytoidea, Eozoa, Heterocaryota, Heterokaryota]
- Sous-embranchement Postciliodesmatophora Gerassimova & Seravin 1976
  - Classe Heterotrichea Stein 1859
  - Classe Karyorelictea Corliss 1974
- Sous-embranchement Intramacronucleata Lynn 1996
  - Classe ?Mesodiniea Chen et al. 2015
  - Infra-embranchement Lamellicorticata
    - Classe Litostomatea Small & Lynn 1981
    - Classe Armophorea Lynn 2004
    - Classe Cariacotrichea Orsi et al. 2011
    - Classe Spirotrichea Bütschli 1889
    - Infra-embranchement Ventrata Cavalier-Smith 2004 [Conthreep Lynn 2012]
    - Ordre ?Discotrichida Chen et al. 2015
    - Classe Protocruziea Chen et al. 2015 [Protocruziidia de Puytorac, Grain & Mignot 1987]
    - Classe Colpodea Small & Lynn 1981
    - Classe Nassophorea Small & Lynn 1981
    - Classe Phyllopharyngea de Puytorac et al. 1974
    - Classe Prostomatea Schewiakoff 1896
    - Classe Plagiopylea Small & Lynn 1985 sensu Lynn 2008
    - Classe Oligohymenophorea de Puytorac et al. 1974
Embranchement Miozoa Cavalier-Smith 1987
- Sous-embranchement Colponemidia Tikhonenkov, Mylnikov & Keeling 2013
  - Classe Colponemea Cavalier-Smith 1993
- Sous-embranchement Acavomonadia Tikhonenkov et al. 2014
  - Classe Acavomonadea Tikhonenkov et al. 2014
- Sous-embranchement Myzozoa Cavalier-Smith 2004
  - Infra-embranchement Apicomplexa Levine 1970 emend. Adl et al. 2005
    - Ordre ?Vitrellida Cavalier-Smith 2017
    - Classe ?Myzomonadea Cavalier-Smith & Chao 2004 sensu Ruggiero et al. 2015
    - Classe Chromerea
    - Ordre Colpodellida Patterson & Zölffel 1991 [Spiromonadida Krylov & Mylnikov 1986]
    - Super-classe Sporozoa Leuckart 1879 stat. nov. Cavalier-Smith 2013 [Gamontozoa]
      - Classe Blastogregarinida Chatton & Villeneuve 1936 [Blastogregarinina; Blastogregarinorina Chatton & Villeneuve 1936]
      - Classe Paragregarea Cavalier-Smith 2014
      - Classe Gregarinomorphea Grassé 1953
      - Classe Coccidiomorphea Doflein 1901
  - Infra-embranchement Dinozoa Cavalier-Smith 1981 emend. 2003
    - Ordre ?Acrocoelida Cavalier-Smith & Chao 2004
    - Ordre ?Rastromonadida Cavalier-Smith & Chao 2004
    - Classe Squirmidea Norén 1999 stat. nov. Cavalier-Smith 2014
    - Super-classe Perkinsozoa Norén et al. 1999 s.s.
      - Classe Perkinsea Levine 1978 [Perkinsasida Levine 1978]
    - Super-classe Dinoflagellata Butschli 1885 stat. nov. Cavalier-Smith 1999 sensu Cavalier-Smith 2013 [Dinozoa Cavalier-Smith 1981]
      - Classe Pronoctilucea
      - Classe Ellobiopsea Cavalier-Smith 1993 [Ellobiophyceae Loeblich III 1970; Ellobiopsida Whisler 1990]
      - Classe Myzodinea Cavalier-Smith 2017
      - Classe Oxyrrhea Cavalier-Smith 1987
      - Classe Syndinea Chatton 1920 s.l. [Syndiniophyceae Loeblich III 1970 s.s.; Syndina Cavalier-Smith]
      - Classe Endodinea Cavalier-Smith 2017
      - Classe Noctiluciphyceae Fensome et al. 1993 [Noctilucae Haeckel 1866; Noctilucea Haeckel 1866 stat. nov.; Cystoflagellata Haeckel 1873 stat. nov. Butschli 1887]
      - Classe Dinophyceae Pascher 1914 [Peridinea Ehrenberg 1830 stat. nov. Wettstein]

Phylogénie

Basée sur une compilation des sources suivantes^,^,^,.

Alveolata

Ciliophora

Postciliodesmatophora

	Heterotrichea

	Karyorelictea

Lamellicorticata

	Cariacotrichea

	Spirotrichea

Ventrata

Protocruziea

?Discotrichida

Colpodea

	Nassophorea

	Phyllopharyngea

Prostomatea

	Plagiopylea

	Oligohymenophorea

Colponemidia

Acavomonadia

Apicomplexa s.l.

	Coccidiomorphea (Coccidia et Hematozoa)

	Marosporida

Dinoflagellata s.s.

	Noctiluciphyceae

	Dinophyceae

Des recherches récentes indiquent que les Dinoflagelllata ont en fait émergé des Perkinsea. De plus, les Perkinsea ont émergé des Apicomplexa.

Notes et références

↑ Ruggiero MA, Gordon DP, Orrell TM, Bailly N, Bourgoin T, Brusca RC, Cavalier-Smith T, Guiry MD, Kirk PM, « A higher level classification of all living organisms », PLOS ONE, vol. 10, n^o 4,‎ 2015, e0119248 (PMID 25923521, PMCID 4418965, DOI 10.1371/journal.pone.0119248 , Bibcode 2015PLoSO..1019248R)
↑ Silar, Philippe, « Protistes Eucaryotes: Origine, Evolution et Biologie des Microbes Eucaryotes », HAL Archives-ouvertes,‎ 2016, p. 1–462 (lire en ligne)
↑ Thomas Cavalier-Smith, « Kingdom Chromista and its eight phyla: a new synthesis emphasising periplastid protein targeting, cytoskeletal and periplastid evolution, and ancient divergences », Protoplasma, vol. 255, n^o 1,‎ 5 septembre 2017, p. 297–357 (PMID 28875267, PMCID 5756292, DOI 10.1007/s00709-017-1147-3)
↑ Varsha Mathur, Waldan K. Kwong, Filip Husnik, Nicholas A. T. Irwin, Árni Kristmundsson, Camino Gestal, Mark Freeman et Patrick J Keeling, « Phylogenomics Identifies a New Major Subgroup of Apicomplexans, Marosporida class nov., with Extreme Apicoplast Genome Reduction », Oxford University Press, vol. 13, n^o 2: evaa244,‎ 18 novembre 2020 (ISSN 1759-6653, PMID 33566096, PMCID 7875001, DOI 10.1093/gbe/evaa244)
↑ (en) Jürgen F H Strassert, Anna Karnkowska, Elisabeth Hehenberger, Javier del Campo, Martin Kolisko, Noriko Okamoto, Fabien Burki, Jan Janouškovec et Camille Poirier, « Single cell genomics of uncultured marine alveolates shows paraphyly of basal dinoflagellates », The ISME Journal, vol. 12, n^o 1,‎ 2018, p. 304–308 (ISSN 1751-7370, PMID 28994824, PMCID 5739020, DOI 10.1038/ismej.2017.167)

Voir aussi

Articles connexes

Classification phylogénétique du vivant, par Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader

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Alveolata, sur Wikispecies

Liens externes

(en) BioLib : Alveolata Cavalier-Smith, 1991 (consulté le 21 juillet 2017)
(fr + en) ITIS : Alveolata (consulté le 21 juillet 2017)
(en) NCBI : Alveolata (taxons inclus) (consulté le 21 juillet 2017)
(en) Tree of Life Web Project : Alveolata (consulté le 21 juillet 2017)
(en) Paleobiology Database : Alveolata (consulté le 21 juillet 2017)
(en) WoRMS : Alveolata Cavalier-Smith (+ liste embranchements + liste classes) (consulté le 21 juillet 2017)
(en) Les Alveolata, projet Tree of Life

Portail de la microbiologie

[Ruggiero15-1] Ruggiero MA, Gordon DP, Orrell TM, Bailly N, Bourgoin T, Brusca RC, Cavalier-Smith T, Guiry MD, Kirk PM, « A higher level classification of all living organisms », PLOS ONE, vol. 10, n^o 4,‎ 2015, e0119248 (PMID 25923521, PMCID 4418965, DOI 10.1371/journal.pone.0119248 , Bibcode 2015PLoSO..1019248R)

[2] Silar, Philippe, « Protistes Eucaryotes: Origine, Evolution et Biologie des Microbes Eucaryotes », HAL Archives-ouvertes,‎ 2016, p. 1–462 (lire en ligne)

[Cavalier-Smith_2017-3] Thomas Cavalier-Smith, « Kingdom Chromista and its eight phyla: a new synthesis emphasising periplastid protein targeting, cytoskeletal and periplastid evolution, and ancient divergences », Protoplasma, vol. 255, n^o 1,‎ 5 septembre 2017, p. 297–357 (PMID 28875267, PMCID 5756292, DOI 10.1007/s00709-017-1147-3)

[Mathur_2021-4] Varsha Mathur, Waldan K. Kwong, Filip Husnik, Nicholas A. T. Irwin, Árni Kristmundsson, Camino Gestal, Mark Freeman et Patrick J Keeling, « Phylogenomics Identifies a New Major Subgroup of Apicomplexans, Marosporida class nov., with Extreme Apicoplast Genome Reduction », Oxford University Press, vol. 13, n^o 2: evaa244,‎ 18 novembre 2020 (ISSN 1759-6653, PMID 33566096, PMCID 7875001, DOI 10.1093/gbe/evaa244)

[5] (en) Jürgen F H Strassert, Anna Karnkowska, Elisabeth Hehenberger, Javier del Campo, Martin Kolisko, Noriko Okamoto, Fabien Burki, Jan Janouškovec et Camille Poirier, « Single cell genomics of uncultured marine alveolates shows paraphyly of basal dinoflagellates », The ISME Journal, vol. 12, n^o 1,‎ 2018, p. 304–308 (ISSN 1751-7370, PMID 28994824, PMCID 5739020, DOI 10.1038/ismej.2017.167)