Apochthonius malheuri est une espèce de pseudoscorpions de la famille des Chthoniidae.
Cette espèce est endémique d'Oregon aux États-Unis. Elle se rencontre dans la grotte Malheur Cave dans le comté de Harney.
Les mâles mesurent de 1,66 à 1,90 mm.
Son nom d'espèce lui a été donné en référence au lieu de sa découverte, la grotte Malheur Cave.