La taxinomie des Chromista est en pleine évolution voire révolution, et les différentes classifications sont très disparates, notamment entre les classifications qui maintiennent une taxonomie plus classique et les classifications purement cladistiques qui ont réparti le groupe dans les clades SAR, Telonemia(en), Haptista, Pancryptista(en).
« Chromiste» redirige ici. Ne pas confondre avec Chromisme ni Chromite.
Ce règne a été proposé par le biologistebritanniqueThomas Cavalier-Smith en 1981. Les Chromista étaient d'abord un clade supposé d'organismes eucaryotes pour la plupart photosynthétiques, regroupant également certains organismes autrefois classés parmi les «champignons inférieurs» — donc hétérotrophes. La pertinence de ce clade a été remise en cause par des études de 2007 rapprochant les Stramenopiles des Rhizaria. Il a donc été proposé d'utiliser le terme de Chromista pour désigner l'ensemble présumé monophylétique formé par les Harosa et les Hacrobia à la place du terme de Chromalveolata au sens large.
Le groupe Chromista est polyphylétique, alors, ce nom n'est plus utilisé pour le groupe,,.
Étymologie
Le terme Chromista dérive du grec χρῶμα/ chróma, couleur, en référence aux pigments de ces organismes qui leur donne une teinte plus ou moins soutenue. Le terme fut inventé en 1981 par le biologiste britannique Thomas Cavalier-Smith, sur la base de termes plus anciens, par exemple Chromophyta.
Caractéristiques propres
On trouve des caractéristiques propres au groupe, qui peuvent avoir disparu secondairement:
Le chloroplaste de la cellule est constitué de quatre membranes: les deux membranes communément trouvées chez les chloroplastes et deux membranes externes reliées le plus souvent à l'enveloppe nucléaire. Cette situation serait le résultat d'une endosymbiose secondaire et plus précisément d'une ingestion d'une Rhodophyte unicellulaire par un autre Eucaryote. À ce sujet, la communauté scientifique cherche à savoir si l'endosymbiose s'est effectuée plusieurs fois au sein des Chromistes ou si cela a été réalisé une seule fois — et l'endosymbiote ensuite perdu —, ce qui résoudrait le problème des Straménopiles non photosynthétiques.
En effet, le Précambrien récent a livré des fossiles de type «film carboné», se présentant principalement sous la forme de simples empreintes noirâtres dans la roche. Si certaines de ces compressions sont dépourvues de caractéristiques distinctes et correspondraient à d'anciens tapis microbiens, d'autres exhibent une structure dotée d'un thalle. Cette morphologie suggère qu'elles appartiennent à des organismes analogues à des algues, peut-être des algues brunes, ou phéophytes. Bien que les phéophytes puissent avoir des origines remontant à l'Ordovicien, leurs traces fossiles demeurent rares avant le Miocène,.
Les chromistes dotés d'un squelette minéral, de silice ou de carbonate de calcium, possèdent un registre fossile bien plus fourni. L'accumulation de leurs tests fossilisés, comme ceux des diatomées, des coccolithophores et des silicoflagellés, est parfois à l'origine de formations rocheuses entières. Leur origine est ancienne, avec des fossiles potentiels mais contestés dès le Précambrien récent. Les premiers diatomées et coccolithophores incontestables apparaissent au Jurassique, tandis que les chrysophytes et les silicoflagellés sont avérés à partir du Crétacé. Pour la majorité des autres chromistes, les témoignages fossiles, extrêmement fragmentaires, ne remontent pas au-delà de cette même période. Au Cénozoïque, les restes de chromistes siliceux, notamment les diatomées et les chrysophytes, deviennent souvent prépondérants dans les sédiments lacustres.
↑Thomas Cavalier-Smith, M. T. Allsopp et E. E. Chao, «Chimeric conundra: are nucleomorphs and chromists monophyletic or polyphyletic?», Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol.91, no24, , p.11368–11372 (PMID7972066, PMCID45232, DOI10.1073/pnas.91.24.11368, Bibcode1994PNAS...9111368C)
↑Jürgen F. H. Strassert, Iker Irisarri, Tom A. Williams et Fabien Burki, «A molecular timescale for eukaryote evolution with implications for the origin of red algal-derived plastids», Nature Communications, vol.12, no1, , p.1879 (ISSN2041-1723, PMID33767194, PMCID7994803, DOI10.1038/s41467-021-22044-z)
↑Damien Aubert, Classer le vivant: Les perspectives de la systématique évolutionniste moderne, Paris, Ellipses, , 496p. [détail de l’édition] (ISBN978-2-340-01773-3), chap.V («La classification synthétique»), p.324.
