La compagnie aérienne obtient son certificat d'opérateur aérien en et commence ses premiers vols réguliers en avec comme premières destinations Antalya, Héraklion et Rhodes. En 2019, FlyOne lance une plateforme de planification de voyage en collaboration avec GoQuo[sourceinsuffisante].
À la suite de l'invasion de l'Ukraine par la Russie en 2022 le l'autorité de l'aviation civile de la République de Moldavie «interdit, à partir du , aux compagnies nationales d’effectuer des vols dans l'espace aérien de la Russie».
Moldavie
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